Η Επιτροπή που κατέφτασε στο νησί, όπως είχε συμφωνηθεί μεταξύ άλλων, προκειμένου να καταπαύσει η επαναστατική κρίση του Θερίσου,

αφενός αναγνώρισε την αναγκαιότητα της Ένωσης και αφετέρου θεώρησε το Γεώργιο ακατάλληλο ακόμα και για την ομαλή προσωρινή διευθέτηση των εσωτερικών πολιτικών πραγμάτων της Κρήτης.
Τελικά, το 1906 οι Δυνάμεις προχώρησαν σε μια σειρά μεταρρυθμίσεων που σήμαιναν αφενός τη διεύρυνση των διακρατικών δεσμών με την Ελλάδα (διορισμός του Ύπατου Αρμοστή από τον έλληνα βασιλιά ύστερα από έγκριση των Δυνάμεων) και την απαλλαγή του αυτόνομου καθεστώτος από τα δεσμά του διεθνούς ελέγχου και αφετέρου την εσωτερική αναδιοργάνωση με βασικό στοιχείο την αναθεώρηση του Συντάγματος και την καθιέρωση της κοινοβουλευτικής πρακτικής. Ο πρίγκηπας Γεώργιος αντικαταστάθηκε από το μετριοπαθή και έμπειρο πολιτικό Αλέξανδρο Ζαΐμη.

Η εποχή που ακολούθησε αυτές τις εξελίξεις ήταν σχετικά ομαλή και πολλά πραγματοποιήθηκαν στην κατεύθυνση των εσωτερικών οργανωτικών αλλαγών. Ως προς το ζήτημα της Ένωσης, τον Οκτώβριο του 1908 η Κρητική Βουλή κατέλυσε τις νόμιμες αρχές και συγκρότησε πενταμελή Εκτελεστική Επιτροπή που θα κυβερνούσε στο όνομα του έλληνα βασιλιά σύμφωνα με τους νόμους του ελληνικού κράτους. Η Διακήρυξη της Ένωσης θα προσκρούσει στην αντίδραση της Πύλης και των Μεγάλων Δυνάμεων. Τα ευρωπαϊκά στρατεύματα όμως αποχώρησαν από το νησί. Η ελληνική κυβέρνηση αντέδρασε αρνητικά στη μονόπλευρη κήρυξη της Ένωσης,

φοβούμενη τη διεθνή εμπλοκή και ένα νέο πόλεμο με την Τουρκία, τον οποίο ήταν αποφασισμένη να αποφύγει.

Το 1912, οι κρήτες βουλευτές εκδήλωσαν την πρόθεσή τους να μετάσχουν στο ελληνικό κοινοβούλιο, θεωρώντας ότι με αυτό τον τρόπο, μετά τη μονομερή ανακήρυξη της Ένωσης του 1908, θα συνέβαλαν στην τυπική επικύρωσή της εκβιάζοντας έτσι για τη διεθνή αναγνώριση. Ο Βενιζέλος αρνήθηκε κατηγορηματικά. Εντούτοις, το Μάρτιο του 1912 ταυτόχρονα με τη διεξαγωγή εκλογών στην Ελλάδα διεξάγονταν και στην Κρήτη εκλογές για την ανάδειξη αντιπροσώπων για την Ελληνική Βουλή. Όταν εκείνοι παρά τις κυβερνητικές προσπάθειες να μην παρουσιαστούν στην Αθήνα προσπάθησαν να μπουν στη βουλή, ο Βενιζέλος δε δίστασε να τους απαγορεύσει την είσοδο, προκειμένου να αποφύγει διεθνές επεισόδιο, προκαλώντας προφανώς τεράστια συγκίνηση στην κοινή γνώμη. Ο ίδιος όμως ήταν σταθερός στην επιλογή να αποφευχθεί κάθε ένταση με την Τουρκία, πριν ολοκληρωθεί η εσωτερική προετοιμασία της χώρας για επιτυχείς αναμετρήσεις.

Με την κήρυξη του Α' Βαλκανικού Πολέμου η Ελλάδα δέχτηκε αμέσως την Ένωση που από το 1908 είχαν κηρύξει οι Κρητικοί. Με το άρθρο 4 της συνθήκη του Λονδίνου (30 Μαΐου 1913) που τερμάτιζε τον Α' Βαλκανικό Πόλεμο, στον οποίο συμμετείχαν και κρήτες στρατιώτες, ο σουλτάνος παραιτούνταν από κάθε δικαίωμα επικυριαρχίας στην Κρήτη.