Στην αρχή της περιόδου κατασκευάζονται κυρίως πασσαλόπηκτες καλύβες, ενώ από τη Μέση Νεολιθική και μετά χρησιμοποιούνται ωμές πλίνθοι για την οικοδόμηση των τοίχων που θεμελιώνονται σε λίθινες κρηπίδες. Τα κτίσματα είναι συνήθως τετράπλευρα, μονόχωρα, αλλά από τη Μέση Νεολιθική εμφανίζεται και ο τύπος του σπιτιού με εσωτερικές αντηρίδες.

Τα σπίτια των πρώιμων οικισμών είναι ελεύθερα στο χώρο, βρίσκονται δηλαδή σε κάποια απόσταση μεταξύ τους και δε συνδέονται με κοινούς τοίχους. Μεταξύ τους αφήνονται στενά περάσματα, ώστε να διευκολύνεται η κυκλοφορία των ατόμων αλλά και η απομάκρυνση των νερών από τις στέγες. Εκτιμάται ότι ο μέγιστος αριθμός κατοίκων του κάθε σπιτιού, μέγιστης επιφάνειας 50 τ.μ. το καθένα, ανερχόταν στους πέντε. Οι ελεύθεροι χώροι που μεσολαβούν ανάμεσα στα κτίσματα χρησιμεύουν ως χώροι τροφοπαρασκευής (περιέχουν εστίες και φούρνους καθώς και λίθινα αγροτικά εργαλεία) αλλά και άσκησης άλλων παραγωγικών δραστηριοτήτων (παραγωγή λίθινων εργαλείων, κοσμημάτων, κεραμικών κ.ά.). Εστίες για την ετοιμασία του φαγητού αλλά και αποθηκευτικές εγκαταστάσεις βρίσκονται όμως και μέσα στα οικήματα μαζί με θρανία για ύπνο και άλλες εγκαταστάσεις.

Δε γνωρίζουμε πώς γινόταν ο καταμερισμός του χώρου, όμως το μικρό σχετικά μέγεθος των οικιών αλλά και η παρουσία ανοιχτών χώρων μεταξύ των σπιτιών που φέρουν κατασκευές για την τροφοπαρασκευή (εστίες, φούρνοι) υποδηλώνουν ίσως ότι οι χώροι αυτοί ανήκαν σε περισσότερα από ένα νεολιθικά σπίτια, στα οποία διέμεναν πιθανότατα τα μέλη της ίδιας διευρυμένης-πολυγονικής οικογένειας. Δεν αποκλείεται βέβαια σε κάποιες περιπτώσεις οι χώροι αυτοί να χρησιμοποιούνταν για κοινοτικούς σκοπούς (κοινόχρηστοι χώροι), όπως για την παρασκευή της τροφής, την παραγωγή εργαλείων και άλλων αντικειμένων ή ως χώροι σύναξης των μελών του οικισμού.

Το εσωτερικό των οικιών χρησιμοποιούνταν από τα μέλη της οικογένειας για την προετοιμασία της τροφής, την αποθήκευση και τον ύπνο. Στα σπίτια με εσωτερικές αντηρίδες αναγνωρίζουμε συνήθως την ανάγκη διακανονισμού του εσωτερικού χώρου του δωματίου κατά μήκος των τοίχων για διάφορες δραστηριότητες αλλά και τη χρήση δεύτερου ορόφου.

Τέλος, σε ενδοκοινοτικό επίπεδο, δεν υπάρχουν ενδείξεις που να μαρτυρούν μία ιεραρχική οργάνωση, αν και σε κάποιες περιπτώσεις (Σέσκλο) επισημαίνεται η συνύπαρξη των αυτοτελών οικιών (Σέσκλο Α) με στοιχεία πυκνότερης δόμησης (Σέσκλο Β), γεγονός που δεν αποκλείει κάποιες εσωτερικές κοινωνικές διαφοροποιήσεις.