Οι πληροφορίες μας για τους τρόπους οικοδόμησης των κτισμάτων προέρχονται κυρίως από τα ανασκαφικά δεδομένα, αλλά και από μία κατηγορία πήλινων ομοιωμάτων κτισμάτων της ίδιας περιόδου.

Δύο ήταν οι κυριότεροι τρόποι οικοδόμησης στη νεολιθική Θεσσαλία: η οικοδόμηση με ωμόπλινθους (πλινθόκτιστα οικήματα) και η οικοδόμηση με αχυροπηλό και πασσάλους (πασσαλόπηκτα οικήματα).

Οι ωμόπλινθοι κατασκευάζονται από πηλό και άχυρα σε σχήμα παραλληλεπίπεδου, καλουπώνονται σε ξύλινο πλαίσιο και αφήνονται να στεγνώσουν στον ήλιο. Οι πλίνθοι τοποθετούνται κατόπιν σε στρώσεις, είτε ακουμπώντας απευθείας στο έδαφος είτε στερεωμένοι σε λίθινη κρηπίδα (βάση). Τις περισσότερες φορές ο πλίνθινος τοίχος ενισχύεται από τμήματα κάθετων πασσάλων και οριζόντιων δοκών ("ξυλοδεσιάς"), ενώ στο εσωτερικό επικαλύπτεται με πηλοκονίαμα για μεγαλύτερη προστασία (δόρωση). Σε αρκετές περιπτώσεις, οι σειρές πλίνθων στερεώνονται σε λίθινο κρηπίδωμα, ύψους 40-60 εκ. Μόνο στο Οτζάκι Θεσσαλίας και στη θέση Δήμητρα Μακεδονίας οι σειρές πλίνθων τοποθετήθηκαν κατευθείαν στο έδαφος.

Στην τεχνική των πασσαλόπηκτων κτισμάτων οι πάσσαλοι βυθίζονται στο έδαφος σε απόσταση 30-40 εκ. μεταξύ τους και συνδέονται με τραβέρσες και με κλαδιά, πάνω στα οποία στερεώνεται ο αχυροπηλός. Το σύνολο μετά επικαλύπτεται με σοβά ή επίχρισμα. Από τον οικισμό Πρόδρομο της δυτικής Θεσσαλίας σώζονται οι οπές των πασσάλων με τη λάσπη που είχε χρησιμοποιηθεί για τη στερέωσή τους, καθώς και τα λείψανα μιας ξύλινης στέγης από κορμούς και κλαδιά δένδρων που συνδέονταν με ξύλινα καρφιά. Τα αρχιτεκτονικά αυτά στοιχεία διατηρήθηκαν σε πολύ καλή κατάσταση λόγω των περιβαλλοντικών συνθηκών της περιοχής και του υψηλού βαθμού υγρασίας. Πασσαλόπηκτες οικίες ήρθαν στο φως επίσης από τους οικισμούς Αχίλλειο (Ανώτερη και Μέση Νεολιθική), Σέρβια κ.ά.

Στο Αιγαίο εμφανίζονται και οι δύο αυτές τεχνικές ταυτόχρονα, αν και η πλινθοδομή επικρατεί τελικά από τη Νεότερη Νεολιθική και μετά. Πρόκειται για τεχνικές με αρκετά διαφορετική κατανομή στο χώρο της Μεσογείου, αφού η πλινθοδομή επικρατεί κυρίως στην Ανατολή αλλά και στο νότιο Αιγαίο (Κρήτη, Πελοπόννησο και κεντρική Ελλάδα), ενώ η τεχνική των πασσαλόπηκτων κτισμάτων είναι διαδεδομένη κυρίως στην Ευρώπη και στη Βαλκανική, στη Θράκη (Παραδημή και Μάκρη Αλεξανδρούπολης) και εν μέρει στη Μακεδονία. Συγκεκριμένα, η πασσαλόπηξη απουσιάζει από την ανατολική Μακεδονία. Στον οικισμό Θέρμη Θεσσαλονίκης όμως παρατηρήθηκε συνύπαρξη πλινθοδομής, πασσαλόπηκτων οικιών και κοινόχρηστων λιθόστρωτων χώρων. Στη Θεσσαλία η τεχνική αυτή εμφανίστηκε ήδη από την Αρχαιότερη Νεολιθική, αλλά υποχώρησε από τη Νεότερη Νεολιθική, λόγω της επικράτησης της πλινθοδομής. Από τη Μέση Νεολιθική και μετά γενικεύεται και η χρήση των λίθινων θεμελίων στη Θεσσαλία.