Ήδη από τη Μέση Νεολιθική, αλλά κυρίως στη Νεότερη Νεολιθική εποχή, εμφανίζεται για πρώτη φορά ένας νέος τύπος ορθογώνιου κτηρίου, το οποίο αποτελείται συνήθως από τρεις χώρους που αναπτύσσονται κατά μήκος: το προστώο, το κεντρικό δωμάτιο με εστία και ένα βοηθητικό χώρο με αποθηκευτική συνήθως λειτουργία. Ο τύπος αυτός της ορθογώνιας οικίας ονομάστηκε "μέγαρο", λόγω των μορφολογικών ομοιοτήτων του με τα μεταγενέστερα μέγαρα της Mυκηναϊκής εποχής που βρέθηκαν στις Μυκήνες, την Τίρυνθα και τις υπόλοιπες μυκηναϊκές ακροπόλεις και στέγαζαν τα ανάκτορα.

Οικίες τύπου "μεγάρου" αποκαλύφθηκαν πρώτη φορά από τον Τσούντα στο Σέσκλο και το Διμήνι στις αρχές του αιώνα. ’λλα γνωστά κτίσματα τύπου "μεγάρου" αποκαλύφθηκαν στη Μαγούλα Βισβίκη και την Αγία Σοφία Θεσσαλίας. Το "μέγαρο" της Μαγούλας Βισβίκης, το πρωιμότερο "μέγαρο" στη Θεσσαλία (ανήκει στις προδιμηνιακές φάσεις της Νεότερης Νεολιθικής, 5300-4800 π.Χ.) καταστράφηκε στα χρόνια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, αλλά είναι σε μας σήμερα γνωστό από την κάτοψη της μοναδικής δημοσίευσής του από τον ανασκαφέα του J. Benecke (1942). Ήταν ένα πολύ μεγάλο κτίσμα, μήκους περίπου 30 μέτρων με πρόδομο που σχηματιζόταν από την προέκταση των μακρών πλευρών, έναν κύριο χώρο με εστίες, δύο μικρά δωμάτια και ένα μεγάλο χώρο με μεγάλη εστία στο κέντρο και τέσσερις στύλους γύρω της. Η διάταξη των στύλων γύρω από την κεντρική εστία στο κυρίως δωμάτιο θυμίζει μεταγενέστερα μυκηναϊκά μέγαρα και δικαιολογεί κατά κάποιο τρόπο την αναχρονιστική ονομασία του νέου τύπου κτηρίου.

Τα κτίσματα μεγαροειδούς μορφής βρίσκονται συνήθως στο κέντρο του οικισμού: στο Σέσκλο, το μέγαρο της Νεότερης Νεολιθικής εποχής, εμβαδού 152 τ.μ., καταλάμβανε το κεντρικό τμήμα, ενώ περιβαλλόταν από κυκλικούς περιβόλους. Η ύπαρξη μιας πύλης που οδηγούσε στο εσωτερικό της αυλής υποδηλώνει πιθανότατα την ελεγχόμενη πρόσβαση στην κεντρική αυλή. Το μέγαρο του Διμηνίου είναι μικρότερων διαστάσεων αλλά βρίσκεται επίσης σε κεντρικό σημείο.