Η προέλευση αλλά και η λειτουργία του μεγάρου, του σύνθετου αυτού τύπου οικίας που στα μυκηναϊκά χρόνια θα αναδειχθεί σε χώρο διαμονής της κεντρικής εξουσίας, αλλά και στις ιστορικές περιόδους θα στεγάσει τον ελληνικό ναό, έχει αποτελέσει τα τελευταία χρόνια προσφιλές θέμα προς διερεύνηση στους κόλπους της θεωρητικής αρχαιολογίας.

Τις δεκαετίες 1960-1970, το ερώτημα που απασχόλησε τους ερευνητές αφορούσε την καταγωγή και την προέλευση του μεγάρου. Το ερώτημα αυτό αλλά και οι απαντήσεις που δόθηκαν αναπτύχθηκαν κυρίως μέσα στο πλαίσιο της παραδοσιακής αρχαιολογίας και της θεωρίας της διασποράς (diffusion). Οι μορφολογικές ομοιότητες των μεγάρων του Αιγαίου με τα μέγαρα της Μικράς Ασίας (Ανατολίας), αλλά και η διαδεδομένη γεωγραφική εξάπλωση του τύπου στο χώρο του βορειοανατολικού και νότιου Αιγαίου κατά την εποχή του Χαλκού (Τροία, Λήμνος), τροφοδότησαν ατελείωτες συζητήσεις σχετικά με την αυτόχθονη στο Αιγαίο ή αλλογενή καταγωγή του νέου αυτού τύπου κτηρίου. Ακόμα περισσότερο, η ιδιαίτερη χρήση του μεγάρου στα μεταγενέστερα χρόνια (τόπος διαμονής της κεντρικής εξουσίας στα μυκηναϊκά ανάκτορα, τριμερής ναός στην Κλασική περίοδο) κέντρισε τη φαντασία πολλών ερευνητών που αναζήτησαν μία ιδιαιτερότητα στη μορφολογία αλλά και τη λειτουργία του συγκεκριμένου τύπου κτηρίου.

Υπό το πρίσμα νεότερων θεωρητικών ρευμάτων της δεκαετίας του 1980, το ερώτημα της καταγωγής περιήλθε σε δεύτερη μοίρα. Εκείνο που είχε σημασία στο πλαίσιο της "διαδικαστικής"-Νέας Αρχαιολογίας και του συστημικού μοντέλου ήταν να διευκρινιστούν οι συνθήκες που επέτρεψαν τη χρήση μιας σύνθετης μορφής οικίας, όπως είναι το μέγαρο, και να φωτιστούν οι λειτουργίες του. Ειδικά στο Διμήνι, όπου μεγαροειδή κτίσματα εφάπτονται των εσωτερικών περιβόλων, η λειτουργία του μεγάρου κατανοήθηκε από τον ανασκαφέα Γ. Χουρμουζιάδη ως ένα είδος πρακτικής λύσης στο πρόβλημα διευθέτησης του περιορισμένου του χώρου μέσα στο υπάρχον προκαθορισμένο σύστημα των κλειστών και ανοιχτών περιβόλων που διέκριναν σε μέρη τον οικισμό. Παρομοίως, η παρουσία αλλά και η εξάπλωση του μεγάρου σε άλλες περιοχές του Αιγαίου ερμηνεύθηκε ως απόρροια της ανάγκης διευθέτησης του περιορισμένου εσωτερικού χώρου μέσα από σύνθετες μορφές κατοικίας. Εξάλλου, όμως, όπως έχει σωστά παρατηρηθεί, ο τύπος αυτός κατοικίας παρουσιάζει έντονες παραλλαγές ακόμα και στην ίδια τη Θεσσαλία, με αποτέλεσμα η ονομασία να αναφέρεται πιθανόν σε μία τάση παρά σε έναν πραγματικό τύπο κτηρίου.

Υπό μία εντελώς διαφορετική οπτική γωνία, που γεννήθηκε από την ανάγκη αναζήτησης των αρχών και της καταγωγής της θεσμοποιημένης κεντρικής εξουσίας στο Αιγαίο, το μέγαρο κατανοήθηκε από μία ομάδα ερευνητών περισσότερο ως χώρος εξειδικευμένης κοινωνικής λειτουργίας και συγκεκριμένα ως κατοικία του άρχοντα του οικισμού. Ειδικότερα, λόγω του μεγέθους τους και της κεντρικής τους θέσης στους οικισμούς στους οποίους βρέθηκαν, έχει υποστηριχθεί ότι στα μέγαρα εδράζονταν άτομα εξέχουσας κοινωνικής θέσης ή ότι αποτελούσαν το φυσικό κέντρο ελέγχου της αγροτικής παραγωγής του οικισμού.

Οι ερμηνείες όμως αυτές βασίζονται σε λιγοστές ενδείξεις, ενώ πολλές φορές δε φαίνεται να λαμβάνουν υπόψη τους το χαρακτήρα της νεολιθικής κοινωνίας που ήταν στη βάση της κοινωνία ισοκατανομής. Έτσι, παρόλο που μία αλλαγή στη διάταξη και την εσωτερική οργάνωση των οικισμών είναι αισθητή με την εμφάνιση του μεγάρου από τη Νεότερη Νεολιθική και μετά, παραμένει άγνωστος για μας ο χαρακτήρας και η δομή αυτής της αλλαγής, που φαίνεται άλλωστε να λάμβανε χώρα πάντα στο πλαίσιο της συλλογικής ταυτότητας της κοινότητας.