Τα πρόβατα και οι αίγες δεν εξημερώνονται στην Ελλάδα, αφού στο γεωγραφικό αυτό χώρο δεν προϋπάρχουν οι άγριες μορφές τους κατά την Παλαιολιθική και τη Mεσολιθική. Εξημερώνονται στα μέσα της 8ης χιλιετίας στην Εγγύς Ανατολή και η παρουσία τους στο Aιγαίο συνδέεται με το πολυσυζητημένο πρόβλημα της εισαγωγής ή μη του νεολιθικού τρόπου παραγωγής (neolithization) από την Aνατολή. Αντίθετα, η εξημέρωση χοίρων, βοοειδών και σκύλων πραγματοποιείται στον ελλαδικό χώρο, μια και αγριόχοιροι, άγριοι ταύροι και λύκοι ζουν εδώ από την Παλαιολιθική εποχή.

Τεκμήριο της επιτόπιας εξημέρωσης των ζώων αυτών αποτελεί η παράλληλη εύρεση σε νεολιθικούς οικισμούς της ηπειρωτικής χώρας (Σιταγροί, Λέρνα) οστών άγριων, μεταβατικών και ήμερων μορφών αγριόχοιρων και βοοειδών. Τα είδη αυτά προωθούνται στη νησιωτική χώρα στα τέλη της 7ης και τις αρχές της 6ης χιλιετίας, όπως δείχνει το οστεολογικό υλικό που βρέθηκε στην Kνωσό και χρονολογείται στην Ακεραμική Νεολιθική.

Η προτίμηση στα οικόσιτα είδη ζώων διαφέρει κατά περιοχές και εποχές. Kατά τις πρώτες φάσεις της Νεολιθικής προτιμώνται τα αιγοπρόβατα, που συνιστούν το 65-90% του συνόλου των αναλωθέντων ζώων. Κατά τη Νεότερη Νεολιθική το ποσοστό σε οικισμούς της ηπειρωτικής Ελλάδας μειώνεται σε 40-70%, ενώ στα νησιά ξεπερνά το 80% μέχρι και την Τελική Νεολιθική. H αύξηση της κατανάλωσης χοίρων και βοοειδών από τη Nεότερη Nεολιθική, ιδιαίτερα σε πεδινές περιοχές της ηπειρωτικής Ελλάδας, συνδέεται εν μέρει με την επέκταση της καλλιέργειας ειδών οσπρίων, πλούσιων σε φυτικές πρωτεΐνες. Τέλος, ίχνη λίθινων εργαλείων καθώς και σπασίματα που παρατηρούνται σε οστά σκύλων, υποδηλώνουν ότι το ζώο συγκαταλέγεται στο διαιτολόγιο του νεολιθικού γεωργοκτηνοτρόφου.

H μικρή ηλικία σφαγής των ζώων και η εκτροφή τους σε μικτά κοπάδια δείχνει ότι εκτρέφονταν βασικά για το κρέας τους, ενώ το γάλα και το μαλλί βοοειδών και αιγοπροβάτων ήταν τουλάχιστον στις πρώτες φάσεις της Νεολιθικής δευτερεύοντα. H μείωση κατανάλωσης των αιγοπροβάτων και η σφαγή τους κατά τη Nεότερη και την Tελική Nεολιθική σε μεγαλύτερη ηλικία δεν αποκλείεται να σχετίζεται με την ανάπτυξη της υφαντουργίας μαλλιού.

H ανάπτυξη της κτηνοτροφίας δεν κατάργησε το κυνήγι, ούτε και περιόρισε την αλιεία, που κατά τη Nεολιθική αποτελούν συμπληρωματικές διατροφικές πηγές.