Σύμφωνα με τα φυτικά κατάλοιπα που βρέθηκαν απανθρακωμένα σε νεολιθικούς οικισμούς και μελετήθηκαν από παλαιοβοτανολόγους, η ανάπτυξη της γεωργίας στον ελλαδικό-αιγαιακό χώρο σημειώνεται κατά την 7η χιλιετία π.Χ. και εγκαινιάζει, μαζί με την κτηνοτροφία, το παραγωγικό στάδιο οικονομίας.

Τρία είναι τα είδη που καλλιεργούνται συστηματικά από την Προκεραμική Nεολιθική: το μονόκοκκο και δίκοκκο σιτάρι και το κριθάρι. Η μελέτη απανθρακωμένων σπόρων από οικισμούς της Mακεδονίας, Θεσσαλίας, Aργολίδας και Kρήτης δείχνει ότι κατά τις πρώτες περιόδους της Νεολιθικής απαντά συχνότερα το δίκοκκο σιτάρι, ενώ παράλληλα καλλιεργούνται και όσπρια (φακή, μπιζέλια). Από την Αρχαιότερη Νεολιθική καλλιεργείται και το λινάρι, που μαζί με το μαλλί των αιγοπροβάτων, αποτελεί σημαντικότατη πρώτη ύλη για την υφαντουργία.

Από τη Νεότερη Νεολιθική η γεωργία επεκτείνεται με την καλλιέργεια σιταριού αρτοποιίας (Σιταγροί, Σέσκλο), κεχριού (’ργισσα, Xαιρώνεια), σίκαλης (Θαρρούνια Eυβοίας) και βρώμης (Πλατιά Μαγούλα Ζάρκου, Θαρρούνια). Στα όσπρια προστίθενται τα κουκιά (Σέσκλο, Διμήνι, Θαρρούνια), η φάβα και τα ρεβίθια (Διμήνι), εμπλουτίζοντας έτσι τη διατροφή σε φυσικές πρωτεΐνες. Tέλος, είναι αμφίβολο αν η μηδική, το ρόβι και το λαθούρι, που απαντούν σε νεολιθικούς οικισμούς και σήμερα κατατάσσονται στις ζωοτροφές, συγκαταλέγονται στο διαιτολόγιο του νεολιθικού γεωργοκτηνοτρόφου.

Kατά τη Nεότερη και την Tελική Nεολιθική εντατικοποιείται η καλλιέργεια του κριθαριού, πιθανότατα λόγω της προσαρμοστικότητάς του σε διαφορετικές κλιματολογικές συνθήκες. Στις πρώτες φάσεις της Νεολιθικής καλλιεργείται ευρύτατα το δίστοιχο κριθάρι (Γεντίκι, Σουφλί, Νέα Νικομήδεια, Φράγχθι, Κέα, Κνωσός), ενώ από τη Νεότερη Νεολιθική στη Μακεδονία και τη Θεσσαλία προτιμάται το εξάστοιχο κριθάρι.

Για τη γεωργία απαιτούνταν εκτάσεις γύρω ή σε μικρή σχετικά απόσταση από τους οικισμούς. Για την εξασφάλισή τους συχνή ήταν η εκχέρσωση θαμνωδών εκτάσεων ή η αποψίλωση περιοχών, που καταχωρούνται στις πρώτες οικολογικές παρεμβάσεις! Aπό τη μελέτη των φυτικών καταλοίπων συνάγεται ότι τα δημητριακά και τα όσπρια καλλιεργούνται είτε στους ίδιους είτε σε διαφορετικούς αγρούς. Mικτές καλλιέργειες σημειώνονται για παράδειγμα στο Γεντίκι και στην Άργισσα, ενώ στον Πρόδρομο και το Σέσκλο οι καλλιέργειες γίνονται χωριστά. Aξίζει να σημειωθεί ότι τα είδη σιτηρών και οσπρίων που αναφέρονται δεν καλλιεργούνται το ίδιο σε όλους τους οικισμούς του ελλαδικού χώρου. Στη Νέα Νικομήδεια και τη Μαγούλα Μπαλωμένου προτιμάται για παράδειγμα ένα μόνο είδος σιταριού. Oι αγροί σκάβονται με λίθινες αξίνες, ενώ η χρήση του αρότρου δεν τεκμηριώνεται αρχαιολογικά στο Αιγαίο πριν από την Πρώιμη εποχή του Χαλκού (3η χιλιετία π.Χ.). H συγκομιδή των σιτηρών γίνεται με ξύλινα δρεπάνια, στο στέλεχος των οποίων προσαρμόζονται λεπίδες πυριτόλιθου η μια δίπλα στην άλλη.

Tη διατροφή των νεολιθικών ανθρώπων συμπληρώνουν καρποί και φρούτα που συλλέγονται από φυτά που βρίσκονται στο άμεσο και ευρύτερο περιβάλλον των οικισμών: βελανίδια, φιστίκια, αμύγδαλα, κορόμηλα, κεράσια, δαμάσκηνα, μήλα, αχλάδια, ελιές, σταφύλια και μούρα. H συστηματική καλλιέργεια της ελιάς και του αμπελιού αρχίζει κατά την εποχή του Χαλκού.