Από τη Νεότερη Νεολιθική και μετά ο αριθμός των νέων θέσεων αυξάνεται αισθητά τόσο στη Θεσσαλία όσο και στο νότιο Αιγαίο.

Στη Θεσσαλία πληθαίνει ο αριθμός των οικισμών στα πεδινά, ενώ η κατοίκηση στα ορεινά περιορίζεται. Η αύξηση της εγκατάστασης στα πεδινά υποδηλώνει αύξηση του δημογραφικού στοιχείου και πιο συστηματική εκμετάλλευση της γης.

Άλλωστε σημειώνεται μία αύξηση νέων, μικρών αγροτικών οικισμών στη Βοιωτία, την Εύβοια, την Αργολίδα και άλλες περιοχές (πεδιάδα Λάρισας). Παράλληλα, για πρώτη φορά κατοικούνται οι Κυκλάδες (Σάλιαγκος Αντίπαρου, Κεφάλα Κέας, Φτελιά Μυκόνου, Γκρόττα Νάξου κ.ά.). Ο εποικισμός των νησιών μόνο κατά τις τελευταίες περιόδους της Νεολιθικής δεν οφείλεται στην έλλειψη γνώσης ναυσιπλοΐας και εμπειρίας, αφού οι επισκέψεις στη Μήλο για την προμήθεια οψιανού είχαν ήδη ξεκινήσει από την Ανώτερη Παλαιολιθική και συνεχίστηκαν καθ’ όλη την διάρκεια της Νεολιθικής. Φαίνεται πως εκείνο που απέτρεψε το νεολιθικό άνθρωπο να εποικίσει μόνιμα τα νησιά στις αρχές της περιόδου ήταν τα άγονα σχετικά εδάφη και η περιορισμένη χλωρίδα τους. Η εμφάνιση των νέων αυτών οικισμών, που ας σημειωθεί βρίσκονται σε περιφερειακές αγροτικές ζώνες (λόφους ή ακτές), μαρτυρεί εντατικοποίηση της παραγωγής και συνεπάγεται αλλαγές στην κατανομή των παραγωγικών δραστηριοτήτων στο χώρο. Υποδηλώνει επίσης την αύξουσα βαρύτητα της θέσης του νότιου Αιγαίου στις κοινωνικές εξελίξεις που διαμορφώνονται στη Νεότερη Νεολιθική.

Στα τέλη της Νεολιθικής (Τελική Νεολιθική) σημειώνεται μία αισθητή αύξηση κατοίκησης σπηλαίων στο νότιο Αιγαίο (Θαρρουνίων Εύβοιας, Κίτσου Αττικής, Αλεπότρυπας Διρού, Ζα Νάξου κ.ά.).

Η προτίμηση αυτή έχει συνδεθεί με την ανάπτυξη της κτηνοτροφίας και ιδιαίτερα με αλλαγές στη χρήση των ζώων (εκτροφή για το γάλα, το δέρμα και το μαλλί τους). Εικάζεται ότι η αυξανόμενη αποψίλωση των πιο προσιτών ορεινών περιοχών θα άνοιξε νέους τόπους κατάλληλους για τη βοσκή μεγαλύτερων κοπαδιών. Μάλιστα, η αύξηση του αριθμού των οστών αγελάδων και αιγών που παρατηρείται σε πολλούς οικισμούς αυτήν την εποχή έχει ερμηνευθεί ως αποτέλεσμα της αυξανόμενης χρήσης των ζώων αυτών, γεγονός που εν μέρει επέτρεψε η δημιουργία περισσότερων θαμνώδων περιοχών μετά την υποχώρηση των δασών. Από την άλλη πλευρά, η χρήση των ζώων για την απόσπαση και άλλων προϊόντων εκτός από το κρέας τους σίγουρα θα σηματοδότησε μεγάλες αλλαγές στην οικονομία του νεολιθικού χωριού (ανάπτυξη υφαντικής, τυροκομικής κ.ά.). Οι περιορισμένες ενδείξεις όμως που έχουμε από τα δεδομένα των μέχρι τώρα ανασκαμμένων νεολιθικών οικισμών δε συνηγορούν υπέρ της τόσο πρώιμης υιοθέτησης των αλλαγών χρήσης του ζωικού κεφαλαίου. Σαφείς αλλαγές μαρτυρούνται από την επόμενη περίοδο (Πρώιμη εποχή του Χαλκού) και μετά. Έτσι, η αιτία της ξαφνικής στροφής προς τα σπήλαια στα τέλη της Νεολιθικής παραμένει ακόμα ασαφής.