Πολλά είναι τα σπήλαια που παρουσιάζουν ίχνη κατοίκησης κατά την Τελική Νεολιθική (Κίτσου και Μαραθώνα Αττικής, Θαρρούνια Εύβοιας, Ζα Νάξου, Αλεπότρυπας Διρού, ’γιο Γάλας Χίου, Αγίου Βαρθολομαίου Λέσβου, Καλυθιές Ρόδου κ.ά). Η λειτουργία τους δεν έχει εξακριβωθεί με σαφήνεια και πολλές απόψεις επικρατούν. Πρόκειται για σπήλαια όπου διέμεναν κτηνοτρόφοι σε εποχική βάση ή είχαν άλλη λειτουργία;

Πολλά από τα σπήλαια αυτά βρίσκονται σε μεγάλα υψόμετρα, με δύσκολη πρόσβαση, έχουν μεγάλο βάθος και είναι μακριά από πηγές νερού. Η ανεύρεση αντικειμένων υψηλής ανταλλακτικής αξίας (χρυσά κοσμήματα, υψηλής ποιότητας κεραμική, κοσμήματα, προϊόντα πρώιμης μεταλλοτεχνίας και αιχμές βελών από λεπτόκοκκο και αλλογενή πυριτόλιθο) αλλά και ανθρώπινων οστών προσδίδουν έναν ιδιαίτερο χαρακτήρα στα σπήλαια αυτά και μαρτυρούν την ξεχωριστή θέση τους στον ευρύτερο κοινωνικό χώρο του Αιγαίου. Μόνο στη σπηλιά του Κίτσου αναγνωρίστηκαν μεμονωμένα οστά που ανήκαν σε δεκαοκτώ άτομα, ενώ στις Καλυθιές της Ρόδου διακρίθηκαν ορισμένες μόνο κατηγορίες οστών που ανήκαν σε σύνολο οκτώ ατόμων νεαρής ηλικίας. Στη βάση των ευρημάτων αυτών, προτάθηκε ότι τα σπήλαια δε χρησίμευαν μόνο ως χώροι κατοικίας ή ως κτηνοτροφικές μονάδες αλλά και ότι η λειτουργία τους ήταν ταφική και κατ’ επέκταση λατρευτική. Ίσως η παρουσία υπόγειων νερών στα σπήλαια αυτά και η δύσκολα προσβάσιμη τοποθεσία τους δημιουργούσαν τις προϋποθέσεις για μία λατρευτική σημασιοδότηση των χώρων αυτών από το νεολιθικό άνθρωπο. Πάντως, τα σπάνια ευρήματα που εντοπίζονται σήμερα στο εσωτερικό των σπηλαίων φανερώνουν την ενεργό συμμετοχή αλλά και την ιδιαίτερη θέση των χρηστών-κατοίκων των σπηλαίων αυτών στα διεθνή συστήματα ανταλλαγής. Τα σπήλαια του νότιου Αιγαίου στα τέλη της Νεολιθικής χαρακτηρίζονται ως "Κεντρικοί τόποι" (Central places) των διεθνών αλυσίδων ανταλλαγών που εκτείνονται από τα Βαλκάνια μέχρι το νότιο Αιγαίο. Η λειτουργία τέτοιων κεντρικών τόπων θα ήταν να ενισχύουν το αίσθημα της συλλογικότητας σε ένα νησιωτικό χώρο όπου η αγροτική παραγωγή θα ήταν τουλάχιστον αβέβαιη και σε έναν ευρύτερο κοινωνικό χώρο που προμήνυε τη διάσπαση σε πολυκεντρικές συμμαχίες και σχέσεις ανταλλαγών.