Οι πρώτοι γεωργοί εγκαθίστανται κυρίως στα πεδινά, κοντά στις κοίτες ποταμών, ρέματα και πηγές, αν και ένας σημαντικός αριθμός θέσεων ιδρύεται σε λοφώδεις και ορεινές περιοχές (35% των πρώιμων κοινοτήτων στη Θεσσαλία σημειώνεται στα ορεινά). Στους χαμηλούς λόφους ή στα ορεινά όπου ο οικισμός περιβάλλεται από δασικές και θαμνώδεις εκτάσεις, τα μέλη της κοινότητας καταφεύγουν στην αποψίλωση των δασών και την εκχέρσωση των γειτονικών εδαφών από τη βλάστηση με το λίθινο εργαλειακό εξοπλισμό (πελέκεις) που κατασκευάζουν από ντόπια ή αλλογενή υλικά. Η αποψίλωση του δάσους γύρω από τον οικισμό σκοπεύει στη δημιουργία ανοιγμάτων για καλλιέργειες και την παροχή οικοδομικής ξυλείας και κάρβουνου. Εκτιμάται ότι στις ανατολικές περιοχές του Αιγαίου με την αραιή, θαμνώδη βλάστηση και το ξηρό κλίμα η αποδάσωση θα είχε μονιμότερα αποτελέσματα απ’ ό,τι στις δυτικές (Δυτική Πελοπόννησος), όπου οι βροχοπτώσεις και η υγρασία θα ευνοούσαν την εκ νέου ανάπτυξη και εξάπλωση των δασών. Πάντως, η σχέση που αναπτύσσεται τουλάχιστον στην αρχή της Νεολιθικής μεταξύ οικισμού και φύσης είναι σχέση ισορροπίας, αφού δε σημειώνονται μεγάλης έκτασης αποψιλώσεις και διαβρώσεις εδαφών.

Μεταξύ άλλων, η εξασφάλιση του νερού αναδεικνύεται σε ζήτημα πρωταρχικής σημασίας για την επιτυχία της παραγωγής, άρα και της επιβίωσης του οικισμού. Γενικά, η εγγύτητα σε πηγές νερού αποτελεί το πιο βασικό κριτήριο επιλογής του χώρου εγκατάστασης από τους πρώιμους γεωργούς. Στη Θεσσαλία, όπου βρίσκεται η πλειονότητα των πρωιμότερων νεολιθικών οικισμών, η εγκατάσταση γίνεται κοντά σε φυσικές πηγές ή τον Πηνειό και τους παραποτάμους του. Στον κόλπο του Παγασητικού οι οικισμοί φαίνεται πως ελέγχουν τις μικρές πεδινές περιοχές που μεσολαβούν ανάμεσα στους λόφους της περιοχής. Στην Πελοπόννησο και τη Στερεά Ελλάδα οι πρώτες εγκαταστάσεις σημειώνονται σε παραποτάμιες πεδινές εκτάσεις (πεδιάδες Αρκαδίας) και παραλιακές ζώνες (Ακράτα) ή σε χαμηλά βραχώδη εξάρματα κοντά στη θάλασσα που διευκολύνουν την αλιεία (Αλαί).

Το νερό αναδεικνύεται σε φυσικό πόρο ζωτικής σημασίας για την επιβίωση του οικισμού: εξασφαλίζει την επιτυχία της σοδειάς σε όσπρια και δημητριακά, χρησιμοποιείται ως πόσιμο για τους γεωργούς και τα εξημερωμένα ζώα τους, ενώ σπανιότερα το νερό των ποταμών χρησιμεύει ως μέσο πρώιμης επικοινωνίας. Για την άρδευση των μικρών χωραφιών γύρω από τον οικισμό χρησιμοποιείται το νερό των πηγών καθώς και το βρόχινο νερό. Σε κάποιες περιπτώσεις (Πλατιά Μαγούλα Ζάρκου Θεσσαλίας) οι γεωργοί εκμεταλλεύονται τις εποχικές πλημμύρες των ποταμών, προκειμένου να εξασφαλίσουν το εύφορο έδαφος της κοίτης τους για την καλλιέργεια κυρίως των σιτηρών.