Η Κρήτη παρά τις πολεμικές επιτυχίες κατά την Επανάσταση έμεινε τελικά εκτός των ορίων του ελληνικού κράτους. Παρόλα αυτά δεν αποτέλεσε μια επαρχία κανονικά ενταγμένη στο οθωμανικό κράτος, αλλά γνώρισε ποικίλες διοικητικές και διπλωματικές ρυθμίσεις, ως συνέπεια της στρατηγικής της θέσης και των συχνών εξεγέρσεων των κατοίκων της.

Η υπαγωγή του νησιού στο Μεχμέτ Αλή της Αιγύπτου δεν ικανοποίησε τους Κρητικούς, οι οποίοι μετά το αποτυχημένο κίνημα των Μουρνιών ζητούσαν με εκκλήσεις τους στην Αγγλία το 1838 και το 1839 την ανακήρυξή του σε αγγλικό προτεκτοράτο. Στις 3 Ιουλίου1840 με τη συνθήκη του Λονδίνου η Κρήτη επιστρέφει στην κυριαρχία του σουλτάνου, με πρωτεύουσα από το 1851 τα Χανιά.
Από το 1856 το νησί μπαίνει στην περίοδο των μεταρρυθμίσεων, ακολουθώντας τη γενικότερη εξέλιξη της Αυτοκρατορίας. Με το φιρμάνι της 7ης Ιουλίου 1858 κατοχυρώνονται κάποιες ευνοϊκές ρυθμίσεις για τους χριστιανούς του νησιού με σημαντικότερη την ίδρυση των δημογεροντιών, όπως και για τους μουσουλμάνους, στις έδρες των τριών διαμερισμάτων: των Χανίων, του Ρεθύμνου και του Ηρακλείου.

Ύστερα από την Επανάσταση του 1866, με την υποστήριξη των Άγγλων, "παραχωρήθηκε" στους Κρητικούς, βάσει του αυτοκρατορικού διατάγματος της 8ης Ιανουαρίου 1868, ο "Οργανικός Νόμος", ο οποίος ίσχυσε, αν και καταστρατηγήθηκε πολλές φορές, ως το 1877. Εκτός από την αξία της αναγνώρισης για το νησί ενός ιδιαίτερου καταστατικού χάρτη, μεγάλη σημασία είχαν η πρόβλεψη για διορισμό και χριστιανών διοικητικών υπαλλήλων και η ίδρυση μεικτών δικαστηρίων με τη συμμετοχή χριστιανών και μουσουλμάνων. Στο κεντρικό συμβούλιο θα μετείχαν εκλεγμένοι σύμβουλοι και από τις δύο κοινότητες, ενώ ορίζονταν ως ισότιμες στη διοίκηση η ελληνική και η τουρκική γλώσσα.

Το 1878, στο πλαίσιο των ανακατατάξεων στη Βαλκανική, ξέσπασε μια ακόμη επανάσταση και οι διπλωματικές εξελίξεις οδήγησαν στην αντικατάσταση του "Οργανικού Νόμου" από τη "Σύμβαση της Χαλέπας" (Οκτώβριος 1878). Η "Σύμβαση" προέβλεπε τη δυνατότητα για διορισμό χριστιανού διοικητή με πενταετή θητεία. Όριζε τη σύγκληση γενικής συνέλευσης από 49 χριστιανούς και 31 μουσουλμάνους και ίδρυε την Κρητική Χωροφυλακή. Η ελληνική υπερίσχυε ως διοικητική γλώσσα και μόνο ορισμένα έγγραφα και αποφάσεις συντάσσονταν και στην τουρκική. Τέλος, η "Σύμβαση" επέτρεπε τη δημιουργία φιλολογικών συλλόγων και την έκδοση εφημερίδων.

Η "Σύμβαση" δεν έφερε την ειρήνη στο νησί. Είναι εντυπωσιακό ότι ουσιαστικά αποτελεί εξειδίκευση αρχών που θεωρητικά γίνονταν αποδεκτές με το Χάττ-ι Χουμαγιούν του 1856. Μπορεί να δει όμως κανείς ότι, όπως και στην περίπτωση της Ανατολικής Ρωμυλίας, η Κρήτη ακολούθησε μια πορεία απόσχισης από την Αυτοκρατορία: Αυτή η πορεία ξεκινά από την κατ' εξαίρεση διοικητική υπαγωγή, περνά στη διοίκηση με βάση έναν ιδιαίτερο καταστατικό χάρτη ή οργανικό νόμο και καταλήγει στην ίδρυση το 1898 της αυτόνομης κρητικής ηγεμονίας με ύπατο αρμοστή τον πρίγκηπα Γεώργιο.
Μια αργή και σταδιακή διαδικασία ένωσης με την Ελλάδα φαινόταν να φτάνει στο τέλος της.