Τα ειδώλια της Nεολιθικής εποχής αποτέλεσαν το αντικείμενο πολλών ερμηνευτικών συζητήσεων και προτάσεων τις τελευταίες δεκαετίες.

Η αριθμητική υπεροχή των γυναικείων ειδωλίων αλλά και η στεατοπυγική απόδοση των χαρακτηριστικών τους οδήγησαν πολλούς μελετητές στην άποψη ότι οι γυναικείες μορφές είναι απεικονίσεις της θεάς της γονιμότητας. Η συγκέντρωση ειδωλίων μάλιστα σε οροθετημένες περιοχές στη Νέα Νικομήδεια Μακεδονίας και στο Αχίλλειο Θεσσαλίας οδήγησε τους ανασκαφείς στο χαρακτηρισμό αυτών των χώρων ως "ιερών".

Η άποψη αυτή σήμερα έχει απορριφθεί, δεδομένου ότι εικάζεται ο προθεϊστικός χαρακτήρας της λατρείας (λατρεία προγόνων και φυσικών δυνάμεων και όχι προσωποποιημένων θεοτήτων) και η απουσία διάκρισης μεταξύ ιδιωτικών και δημόσιων ιερών χώρων στη Nεολιθική εποχή.

Κατά μία άλλη άποψη, που βασίζεται σε εθνογραφικά παράλληλα, τα ειδώλια αυτά χρησιμοποιούνταν στη συμπαθητική μαγεία, με σκοπό να προκαλέσουν το επιθυμητό αποτέλεσμα (π.χ. τα ειδώλια εγκύων θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν με σκοπό την ενίσχυση της γονιμότητας της γυναίκας που τα είχε στην κατοχή της). Δεν αποκλείεται βέβαια η χρήση τους ως φυλαχτά ή ως σύμβολα με αποτροπαϊκή σημασία.

Οι νεότερες ερμηνευτικές προτάσεις αποδέχονται το συμβολικό και επικοινωνιακό ρόλο των ειδωλίων. Δέχονται επίσης μεγαλύτερη πολυσημία στη χρήση τους. Επισημαίνουν ότι ως αντίγραφα και σύμβολα τα ειδώλια φορτίζονταν με διάφορα νοήματα, ανάλογα με το χρήστη, το περιβάλλον χρήσης τους, τα λόγια και τις χειρονομίες που τα συνόδευαν. Ο χαρακτήρας της χρήσης τους ήταν περιορισμένος, αφού μετά την εκπλήρωση του προορισμού τους πετάγονταν, όπως δείχνουν οι ανασκαφές. Ιδιαίτερα, η συχνή παρουσία των ειδωλίων σε αποθηκευτικούς χώρους και φούρνους και η σπάνια εύρεσή τους σε τάφους υποδηλώνει τη σχέση τους με τη σοδειά και την επιβίωση -φυλαχτά (;).

Οι σύγχρονες αυτές ερμηνευτικές προτάσεις εντάσσονται στα νεότερα θεωρητικά ρεύματα της αρχαιολογίας, σύμφωνα με τα οποία τα αντικείμενα κατανοούνται από τη θέση τους στον οικισμό, τη λειτουργία του χώρου ανεύρεσης αλλά και από την εξέταση των συμβολικών συσχετισμών των δραστηριοτήτων που λαμβάνουν χώρα σ’ αυτόν το χώρο.