Στη Νεότερη Νεολιθική περίοδο διαπιστώνεται για πρώτη φορά η χρήση συγκεκριμένων χώρων ταφής εκτός του οικισμού, η ύπαρξη δηλαδή νεκροταφείων. Τα παραδείγματα ταφών πληθαίνουν, ενώ διαπιστώνεται και για πρώτη φορά η ύπαρξη νεκροταφείων καύσεων στη Θεσσαλία.

Δύο σημαντικά νεκροταφεία καύσεων ανασκάφηκαν από τον Κ. Γαλλή στις θέσεις Πλατιά Μαγούλα Ζάρκου και στη Σουφλί Μαγούλα της Θεσσαλίας. Περισσότερες από 50 ταφές καύσεων εντοπίστηκαν σε ένα χώρο 300 μέτρων βόρεια του οικισμού της Πλατιάς Μαγούλας Ζάρκου. Τα καμένα οστά είχαν τοποθετηθεί μέσα σε τεφροδόχα αγγεία που βρέθηκαν όρθια ή ανεστραμμένα μέσα σε λάκκους. Εντοπίστηκε επίσης και ένας χώρος διάσπαρτος από άνθρακες, πέτρες και καμένα οστά, που ερμηνεύθηκε ως πιθανός χώρος καύσης των νεκρών. Νότια της θέσης Σουφλί Μαγούλα εντοπίστηκαν επίσης επτά αγγεία με καμένα οστά νεκρών. Και στις δύο περιπτώσεις, τα αγγεία είναι καθημερινής χρήσης και χρονολογούνται στην αρχή της Νεότερης Νεολιθικής εποχής (φάση "Τσαγγλί-Λάρισα").

Περισσότερες πληροφορίες για όλες τις μορφές ταφής νεκρών (πρωτογενή ταφή, ανακομιδή, καύση) αλλά και για τις εθιμοτυπικές λειτουργίες που τις συνόδευαν (σπάσιμο γραπτών αγγείων πάνω από την πυρά, όπου καίγονταν οι νεκροί) μας παρέχουν τα σημαντικά ευρήματα από το σπήλαιο Αλεπότρυπα Διρού, που ανασκάφηκε από το Γ. Παπαθανασόπουλο.

Κατά τη Χαλκολιθική εποχή, τρία είναι τα πιο γνωστά νεκροταφεία του Αιγαίου: στην Κεφάλα Κέας, στα Θαρρούνια Εύβοιας και στο Γιαλί Δωδεκανήσου. Ανάμεσά τους ξεχωρίζει το νεκροταφείο της Κεφάλας, αφού παρουσιάζει πολλές μορφολογικές ομοιότητες με τα μεταγενέστερα (εποχής Χαλκού) νεκροταφεία των Κυκλάδων, και γι’ αυτό θεωρείται προδρομική παραλλαγή των γνωστών κυκλαδικών νεκροταφείων.