Στις αρχές της Νεολιθικής οι νεκροί ενταφιάζονται στο εσωτερικό των κατοικημένων χώρων τόσο των υπαίθριων χώρων όσο και των σπηλαίων. Στους οικισμούς οι νεκροί θάβονται κυρίως σε λάκκους (0,70x1 μέτρο) κάτω από τα δάπεδα των οικιών, άλλοτε ανάσκελα (Φράγχθι, Νέα Νικομήδεια), άλλοτε μπρούμυτα (’ργισσα, Κνωσός), αλλά κυρίως σε συνεσταλμένη θέση, δηλαδή με το σώμα τους να ακουμπά στο ένα πλευρό και τα γόνατά τους λυγισμένα. Η στάση αυτή έχει ερμηνευθεί ως συμβολική της στάσης του εμβρύου στη μήτρα, αλλά ίσως να πρόκειται για μία πρακτική λύση εξοικονόμησης χώρου. Οι ταφές είναι ατομικές, αν και στη Νέα Νικομήδεια βρέθηκε μία γυναίκα μαζί με δύο παιδιά. Τα παιδιά και τα έμβρυα τοποθετούνται σε πιθάρια ή μεγάλα αγγεία αλλά και σε λάκκους κάτω από τα δάπεδα. Λίγα κτερίσματα (εργαλεία, κοσμήματα) συνόδευαν τους νεκρούς στη μεταθανάτια ζωή.

’λλοι τρόποι ταφής που μαρτυρούνται κατά την Ανώτερη και Μέση Νεολιθική περίοδο είναι η δευτερεύουσα ταφή (δηλαδή η ανακομιδή οστών από την αρχική τους θέση ταφής σε άλλη θέση) και η καύση νεκρών. Ανακομιδή οστών παρατηρήθηκε στον Πρόδρομο Καρδίτσας, όπου κάτω από το δάπεδο μιας οικίας της Ανώτερης Νεολιθικής σε διαδοχικά στρώματα βρέθηκαν σκορπισμένα τα οστά ένδεκα κρανίων και ένα τμήμα των μηριαίων οστών μαζί με όστρακα κεραμικής και λεπίδες πυριτόλιθου. Καύσεις νεκρών από την Ανώτερη Νεολιθική ΙΙ (φάση Πρωτοσέσκλο) διαπιστώθηκαν στη Σουφλί Μαγούλα, όπου μέσα σε λάκκους είχαν τοποθετηθεί καμένα ανθρώπινα οστά που ανήκαν σε περισσότερους από ένα νεκρούς, όστρακα σπασμένων αγγείων καθώς και μικρά πρόχειρα πλασμένα ή ακέραια αγγεία. Το σύνολο των καύσεων ανέρχεται στις δεκατέσσερις στη Σουφλί Μαγούλα, γεγονός που οδήγησε τον ανασκαφέα να συμπεράνει ότι πρόκειται για ένα από τα πρωιμότερα αποτεφρωτήρια του ελλαδικού χώρου και της Ευρώπης.

Κατά τη Μέση Νεολιθική εποχή συνεχίζεται ο ενταφιασμός των νεκρών κάτω από τα δάπεδα οικιών. Ενδείξεις ταφών έχουμε από τις θέσεις Χαιρώνεια, Πρόσυμνα και Φράγχθι στο νότιο Αιγαίο καθώς και από τον ’γιο Πέτρο Αλονήσσου και το Διμήνι Θεσσαλίας. Στη σπηλιά Φράγχθι βρέθηκαν δεκαοκτώ ταφές, ενώ μία παιδική ταφή εντοπίστηκε στον ’γιο Πέτρο. Ενδείξεις τέλος για την καύση νεκρών έχουμε από τη Χαιρώνεια, όπου αναφέρεται ότι βρέθηκε ένα είδος τύμβου και από την Πρόσυμνα, όπου σε λάκκους διαφορετικών διαστάσεων εντοπίστηκαν λείψανα από φωτιά, μερικές πέτρες αλλά και απανθρακωμένα οστά ενηλίκων και ενός μικρού παιδιού.