Η διεύρυνση των παλαιότερων δικτύων και η εμφάνιση νέων στα τέλη της Νεολιθικής οδήγησαν στη σταδιακή μεταβολή της θέσης των οικισμών στο ευρύτερο για την εποχή σύστημα ιεραρχίας και επικοινωνίας. Υπό το νέο καθεστώς συγκροτούνται νέα δίκτυα επικοινωνίας, ενισχύονται περισσότερο τα τοπικά δίκτυα που περιορίζονται σε ορισμένους τόπους στη βάση κλειστών συστημάτων επικοινωνίας (ανατολική Θεσσαλία), ενώ διευρύνονται ακόμα περισσότερο τα δίκτυα "διεθνούς" εμβέλειας (βαλκανικό δίκτυο). Μέσα σ’ αυτό το νέο κλίμα η θέση του νότιου αλλά και του βορειοδυτικού Αιγαίου (Πολιόχνη Λήμνου, Εμποριό Χίου), καθώς και των ακτών της κεντρικής ηπειρωτικής χώρας (Πευκάκια Θεσσαλίας, νότια Εύβοια), ενισχύεται σημαντικά, αφού οι περιοχές αυτές συμμετέχουν ενεργά στους θαλάσσιους δρόμους επικοινωνίας που αναπτύσσονται αυτήν την εποχή. Οι εξελίξεις αυτές συντέλεσαν ώστε να μεταβληθούν σταδιακά το νότιο Αιγαίο αλλά και οι παραθαλάσσιες περιοχές του υπόλοιπου αιγαιακού χώρου σε κέντρα των πολιτιστικών εξελίξεων.

Η αύξηση των οικισμών και η εξάπλωση της κατοίκησης στις μικρότερες, περιφερειακές, πεδινές ζώνες της Θεσσαλίας και στα σπήλαια του νότιου Αιγαίου στα τέλη της Νεολιθικής φαίνεται πως σηματοδοτεί εξάλλου νέες σχέσεις μεταξύ της κοινότητας και του φυσικού χώρου. Η αύξηση της κατοίκησης συνέβαλε στη σταδιακή ανατροπή της ισορροπίας μεταξύ των οικισμών και του ζωτικού τους χώρου, τα όρια που μεσολαβούν μεταξύ των κατοικημένων οικισμών γίνονται λιγότερο σαφή, ενώ ο φυσικός χώρος που αντιστοιχεί σε κάθε οικισμό μειώνεται. Στην ανατολική Θεσσαλία, για παράδειγμα, γύρω από τον οικισμό του Σέσκλου σημειώνεται εγκατάσταση τόσο σε κοντινή απόσταση από τον οικισμό, στη θέση Πύργος, μόλις 250 μέτρα από το Σέσκλο, όσο και στα όρια των πεδιάδων που ήλεγχε παλαιότερα το Σέσκλο (Σπαρτιά και Παλαιόκαστρο).

Η αυξανόμενη εμφάνιση τάφρων και τειχών γύρω από τους οικισμούς την περίοδο αυτή ίσως να οφείλεται στην ανάγκη περιφρούρησης και περιχαράκωσης του κυρίως οικιστικού ιστού από τυχόν ενέργειες που αμφισβητούν την υπόστασή του. Αν και ο οχυρωματικός χαρακτήρας των κατασκευών αυτών δεν είναι επιβεβαιωμένος, η λειτουργία τους είναι σίγουρα χωροταξική, αφού διαχωρίζουν με φυσικό αλλά και συμβολικό τρόπο τον οικισμό ή μέρος του οικισμού από τον περιβάλλοντα χώρο.

Η επικάλυψη λοιπόν των φυσικών ορίων και των χώρων που προσλαμβάνονται ως μέρος του οικισμού θα συνέβαλε σταδιακά στη δημιουργία ενός πιο ανταγωνιστικού κοινωνικού χώρου και θα συνέτεινε στην ανεύρεση νέων πεδίων επικοινωνίας και εδραίωσης της ταυτότητας των οικισμών. Πράγματι, η εντατικοποίηση των δικτύων ανταλλαγής και επικοινωνίας που σημειώνεται αυτήν την εποχή μαρτυρεί την εμφάνιση ενός πιο διασπασμένου και αβέβαιου νεολιθικού κόσμου.