Όταν ο Καποδίστριας αποβιβαζόταν στο Ναύπλιο στις αρχές του 1828, έφτανε σε μια ερειπωμένη χώρα. Η Πελοπόννησος, στην αγροτική παραγωγή της οποίας στηρίζονταν σε μεγάλο βαθμό τα δημόσια έσοδα ήταν σχεδόν κατεστραμμένη από τον επτάχρονο πόλεμο και τις εμφύλιες συγκρούσεις. Ειδικά οι καταστροφές που προξενήθηκαν από τα στρατεύματα του Ιμπραήμ την περίοδο 1825-28 είχαν αποδιαρθρώσει κάθε παραγωγική βάση. Τα ερείπια των γκρεμισμένων σπιτιών ήταν συνηθισμένο θέαμα στις πόλεις και στα χωριά και η ανάγκη για άμεση ανοικοδόμηση ήταν επιτακτική τώρα που ο πόλεμος είχε τελειώσει, τουλάχιστον για την Πελοπόννησο. Eπιπρόσθετα, τα χρήματα των εξωτερικών δανείων (1824 και 1825) είχαν σπαταληθεί και το ταμείο της κεντρικής διοίκησης δεν μπορούσε να καλύψει ούτε τις απαραίτητες κρατικές δαπάνες.

Αντιμέτωπος με την κατάσταση αυτή ο Καποδίστριας προσπάθησε από την αρχή να εξασφαλίσει δάνειο από τη γαλλική κυβέρνηση ύψους 60.000.000 φράγκων. Με τα χρήματα αυτά θα στήριζε την ανασυγκρότηση και τη λειτουργία της κρατικής διοίκησης καθώς και το πρόγραμμα της οικονομκής ανασυγκρότησης. Το δάνειο ωστόσο δε δόθηκε και έτσι ο Κυβερνήτης αναγκάστηκε να στηριχτεί σε μικρά ποσά που δίνονταν σε μηνιαία βάση από τη Ρωσία και τη Γαλλία μεταξύ του 1828 και του 1830. Με τα χρήματα αυτά καλύπτονταν η στοιχειώδης λειτουργία του κρατικού μηχανισμού και κυρίως οι μισθοί των δημόσιων υπαλλήλων και των ενόπλων, απαραίτητη προϋπόθεση για τη συγκρότηση μιας ισχυρής και λειτουργικής κεντρικής διοίκησης. Ταυτόχρονα τέθηκαν για πρώτη φορά οι βάσεις μιας σύγχρονης δημοσιονομικής πολιτικής. Στην κατεύθυνση αυτή μπορούμε να αναφέρουμε την κυκλοφορία του πρώτου ελληνικού νομίσματος στα 1829, του Φοίνικα, του ξεχασμένου συμβόλου της Φιλικής Εταιρείας. Την ίδια χρονιά δημιουργήθηκε η Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα, στην οποία θα επενδύονταν με σχετικά επωφελές επιτόκιο κεφάλαια από το εσωτερικό αλλά και από τους Έλληνες του εξωτερικού. Tο εγχείρημα δεν πέτυχε εξαιτίας της αντιπολιτευτικής στάσης των εύπορων προυχοντικών οικογενειών προς το καποδιστριακό σύστημα εξουσίας αλλά και λόγω της έλλειψης εμπιστοσύνης προς το νέο θεσμό. Eπίσης, δόθηκε βάρος στην ανάπτυξη του εμπορίου και της ναυτιλίας, γεγονός στο οποίο συνέβαλε σε μεγάλο βαθμό και η καταπολέμηση της πειρατείας στο Aιγαίο.

Βασικός τομέας όπου εφαρμόστηκε η καποδιστριακή οικονομική πολιτική υπήρξε η γεωργία. Η αναδιάρθρωση του πρωτογεννούς τομέα και η σταδιακή επανάκαμψη στα προεπαναστατικά επίπεδα παραγωγής ήταν κάτι περισσότερο από επιτακτική. Για το σκοπό αυτό επιδιώχθηκε η ποιοτική βελτίωση των καλλιεργειών με την εισαγωγή νέων ειδών (π.χ. πατάτα) και τη χρήση νέων γεωργικών μεθόδων και εργαλείων. Έγιναν ακόμη ορισμένα αρχικά βήματα στην αγροτική εκπαίδευση με την ίδρυση του Πρότυπου Αγροτικού Αγροκηπίου στην Τύρινθα. Ωστόσο, το φιλόδοξο πρόγραμμα του Καποδίστρια δεν απέδωσε, σε μεγάλο βαθμό εξαιτίας της έλλειψης των απαραίτητων πόρων για τη στήριξή του. Τέλος, σε ό,τι αφορά στο ζήτημα της διανομής των Εθνικών Κτημάτων δεν υπήρξε καμία εξέλιξη, καθώς αυτά είχαν ήδη υποθηκευτεί ως εγγύηση για τη χορήγηση των εξωτερικών δανείων. Tο ζήτημα αυτό αποτέλεσε μόνιμο θέμα συζητήσεων και πηγή πολιτικών αντιπαράθεσεων και εντάσεων για αρκετές δεκαετίες μετά την ίδρυση του ελληνικού κράτους, έως την Aγροτική Mεταρρύθμιση του Aλέξανδρου Kουμουνδούρου το 1871.