Μετά την πτώση του Μεσολογγίου ο Ιμπραήμ επέστρεψε στην Πελοπόννησο και επιχείρησε να καθυποτάξει τις επαρχίες που αποτελούσαν τις βασικές εστίες αντίστασης. Με εξαίρεση τη Μάνη, όπου αποκρούστηκε τον Ιούνιο και τον Αύγουστο του 1826, την Καρύταινα και την περιοχή του Ναυπλίου, ο Ιμπραήμ είχε πετύχει έως το τέλος του χρόνου να ελέγχει σχεδόν όλα τα σημαντικά οχυρά της Πελοπονννήσου. Κατά τους τελευταίους μήνες του 1826 και στις αρχές του 1827 οι εκτεταμένες καταστροφές και λεηλασίες του αιγυπτιακού στρατού είχαν οδηγήσει πολλές επαρχίες σε δηλώσεις υποταγής, ιδίως στη δυτική Πελοπόννησο. Είναι τα λεγόμενα προσκυνήματα, στα οποία προχώρησαν και ορισμένοι οπλαρχηγοί όπως ο Δημήτρης Νενέκος. Απέναντι στην κατάσταση αυτή οι δυνατότητες αντίδρασης της ελληνικής πλευράς ήταν περιορισμένες. Σε ό,τι αφορά τα προσκυνήματα εφαρμόστηκε η τακτική της τιμωρίας όσων ενέδωσαν και η φράση του Κολοκοτρώνη "φωτιά και τσεκούρι στους προσκυνημένους" ακούστηκε και πάλι στην Πελοπόννησο. Με τον τρόπο αυτό το κύμα του προσκυνήματος ανακόπηκε και αρκετοί επανήλθαν στην πλευρά των επαναστατών.

Στο στρατιωτικό πεδίο ωστόσο είχε από νωρίς διαφανεί η αδυναμία αντιμετώπισης του καλά εκπαιδευμένου αιγυπτιακού στρατού, που διέθετε σύγχρονα όπλα και εφάρμοζε δυτικές πολεμικές τακτικές. Για μια ακόμη φορά προκρίθηκε η τακτική του κλεφτοπόλεμου. Οι αιφνιδιαστικές νυχτερινές επιθέσεις, οι ενέδρες από οχυρές θέσεις, οι επιχειρήσεις δολιοφθοράς σε εφοδιοπομπές στάθηκαν ικανά να ανακόψουν την ορμή του Ιμπραήμ και να τον περιορίσουν σε όσα είχε πετύχει έως τότε. Η στασιμότητα αυτή δεν ήταν ζημιογόνα για την ελληνική πλευρά. Αν και καμιά εντυπωσιακή νίκη δε σημειώθηκε εναντίον του Iμπραήμ η ύπαρξη εστιών αντίστασης επέτρεψε τη διατήρηση του ελληνικού ζητήματος στο διπλωματικό πεδίο. Έξι και πλέον χρόνια από την έναρξή της και ενώ η επανάσταση είχε σχεδόν καμθεί, η στάση ορισμένων ευρωπαϊκών δυνάμεων (Aγγλία, Ρωσία) μεταβαλλόταν ολοένα και ευνοϊκότερα για την ελληνική πλευρά. Ο Ιμπραήμ δεν πρόλαβε να υποτάξει την Πελοπόννησο, η οποία θα αποτελούσε τον εδαφικό πυρήνα ενός ελληνικού κρατικού μορφώματος. Η σύγκρουση των ενωμένου αγγλογαλλορωσικού στόλου με τον αιγυπτιακό και η καταβύθισή του τελευταίου στις 8 Οκτωμβρίου 1827 στον κόλπο του Ναβαρίνου (Νεόκαστρο) υποχρέωσαν την Οθωμανική Αυτοκρατορία να αποδεχτεί την προοπτική αυτή και τον Ιμπραήμ να εγκαταλείψει την Πελοπόννησο. Ένα χρόνο αργότερα (φθινόπωρο του 1828) ολοκληρώθηκε η αποχώρηση των αιγυπτιακών δυνάμεων υπό την επίβλεψη του στρατηγού Μεζόν (Maison), του επικεφαλής του γαλλικού εκστρατευτικού σώματος που κατέφτασε το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς, για να διασφαλίσει τον τερματισμό του πολέμου στην Πελοπόννησο.