Η έναρξη της Νεολιθικής περιόδου στο Αιγαίο σηματοδοτεί το πέρασμα από το κυνηγετικό-τροφοσυλλεκτικό στο παραγωγικό στάδιο απόκτησης της τροφής και από το νομαδικό βίο στη μόνιμη εγκατάσταση. Ο κύριος μηχανισμός που οδήγησε στην παραγωγή της τροφής από τους πληθυσμούς που εγκαταστάθηκαν μόνιμα στις πεδινές περιοχές της ηπειρωτικής χώρας ήταν η εξημέρωση των άγριων ειδών ζώων και φυτών.

Οι έρευνες των τελευταίων δεκαετιών έδειξαν ότι η εξημέρωση συντελέσθηκε για πρώτη φορά στα εδάφη της Εγγύς Ανατολής ("εύφορης ημισέληνος"). Το κύριο ζητούμενο της σύγχρονης έρευνας λοιπόν που αφορά στις γύρω περιοχές της Ανατολής και των Βαλκανίων είναι πώς ξεκίνησε η εξημέρωση αλλά και η καλλιέργεια των εξημερωμένων ειδών δημητριακών και οσπρίων σ’ αυτές τις περιοχές. Πρόκειται για διάδοση νέων ιδεών και τεχνογνωσίας, για μετανάστευση ανθρώπινου και τεχνικού δυναμικού από την Ανατολή (ετερόχθονη) ή για αυτόχθονη εξέλιξη;

Στην περιοχή του Αιγαίου, τα αρχαιοβοτανικά και ζωολογικά δεδομένα που προέρχονται από τις πρωιμότερες νεολιθικές θέσεις δεν είναι πάντα αναγνώσιμα και κατανοητά. Μέχρι σήμερα, μόνο δύο σπήλαια που διασώζουν καλά τη στρωματογραφημένη διαδοχή από τη Μεσολιθική στην Ακεραμική Νεολιθική (το πρωιμότερο στάδιο της Νεολιθικής) έχουν ανακαλυφθεί και ανασκαφεί: το σπήλαιο Φράγχθι στην Ερμιονίδα και το σπήλαιο Θεόπετρα στη Θεσσαλία. Ούτε σ’ αυτά, όμως, ούτε και στους υπόλοιπους νεολιθικούς οικισμούς από τη Θεσσαλία και τη νότια Ελλάδα συνυπάρχουν σπόροι δημητριακών και οσπρίων σε άγρια και εξημερωμένη μορφή, όπως για παράδειγμα γίνεται στους οικισμούς της περιοχής της "εύφορης ημισέληνου". Έτσι, ο τρόπος διάδοσης της γεωργίας στον ελλαδικό χώρο παραμένει ακόμα και σήμερα κεντρικό ζητούμενο προς εξερεύνηση.

Διαφορετικές ερμηνείες έχουν προταθεί κατά καιρούς, στηριζόμενες στη διαφορετική ανάγνωση των αρχαιολογικών δεδομένων. Παλαιότερα, η έρευνα αναλωνόταν στην εξαντλητική παράθεση συλλογισμών και δεδομένων που αφορούσαν την ύπαρξη και μόνο των άγριων προγόνων της χλωρίδας και της πανίδας στο Αιγαίο ως προϋπόθεση εμφάνισης της εξημέρωσης και της γεωργίας. Αν και το ερώτημα "αυτόχθονη ή ετερόχθονη η γεωργία στην Ελλάδα" παραμένει πάντα επίκαιρο, σύγχρονες θεωρήσεις στρέφονται προς την κατανόηση των προϋποθέσεων εκείνων (κοινωνικών και οικονομικών) που επέτρεψαν την εξάπλωση της γεωργίας στις αρχές της Νεολιθικής περιόδου και αρνούνται να εξετάσουν το φαινόμενο της εξημέρωσης μόνο ως αποτέλεσμα βιολογικών και περιβαλλοντικών παραγόντων.