Eκκλησιαστική οργάνωση

Η Θεσσαλονίκη οργανώθηκε εκκλησιαστικά σε λατινική αρχιεπισκοπή, με καθεδρικό ναό την Αγία Σοφία. Ο αριθμός των επισκόπων που υπάγονταν εκκλησιαστικά στη δικαιοδοσία του λατίνου αρχιεπισκόπου Θεσσαλονίκης διατηρήθηκε, πιθανόν, με βάση όσα ίσχυαν πριν από το 1204. Στο βασίλειο ανέπτυξε δράση το τάγμα των Ιωαννιτών ιπποτών, που απέκτησε έδρα στη Θεσσαλονίκη. Από εκεί επιχείρησε να επεκτείνει τις κτήσεις του στη Θεσσαλία.

Τα προνόμια και τα δικαιώματα των ορθόδοξων κατοίκων της Θεσσαλονίκης φαίνεται ότι καταπατούνταν, από την αρχή ακόμη της λατινικής κυριαρχίας. Ο Βονιφάτιος Μομφερρατικός δεν προέβη σε δήμευση και αναδασμό της ορθόδοξης εκκλησιαστικής περιουσίας. Κατά τη διάρκεια του στασιαστικού κινήματος των λομβαρδικής καταγωγής ευγενών, η εκκλησιαστική περιουσία δόθηκε σε λαϊκούς και οι γιοι των ελλήνων ιερέων υποχρεώθηκαν να παράσχουν στρατιωτική υπηρεσία.

Στη β' συνέλευση της Ραβέννικας (1210) αποφασίστηκε για την περιοχή από τη Θεσσαλονίκη μέχρι την Κόρινθο η απαλλαγή της εκκλησιαστικής περιουσίας από κάθε φεουδαρχική υποχρέωση. Στο εξής θα την διαχειρίζονταν οι κληρικοί, οι οποίοι απαλλάσσονταν από όλες τις επιβαρύνσεις και αγγαρείες, με εξαίρεση την υποχρέωση καταβολής του βυζαντινής προέλευσης ετήσιου έγγειου φόρου (ακρόστιχο), που βάρυνε πλέον έλληνες και λατίνους ιερείς.