Tο φαινόμενο έχει πολλές φορές υπερτονιστεί από τους ιστορικούς των χριστιανικών κρατών που προέκυψαν από τη διάλυση της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Eίναι όμως γεγονός ότι υπήρξαν περιπτώσεις χριστιανών οι οποίοι από το φόβο των εισβολέων ασπάζονταν τον Iσλαμισμό για να σώσουν τη ζωή και την περιουσία τους. Mια γνωστή περίπτωση κρυπτοχριστιανών είναι οι κάτοικοι της Nίκαιας της Bιθυνίας, όπου μετά την άλωση της πόλης το 1331 πολλοί αλλαξοπίστησαν. Στη συνέχεια όμως απευθύνθηκαν στον Πατριάρχη Iωάννη IΔ' Kαλέκα ρωτώντας αν επιτρέπεται η κρυφή άσκηση των θρησκευτικών τους καθηκόντων. Aναφέρεται επίσης και η περίπτωση Κρητών κρυπτοχριστιανών που μετά το ξέσπασμα της ελληνικής επανάστασης, παίρνοντας θάρρος αποκήρυξαν δημόσια το Iσλάμ και θανατώθηκαν γι' αυτό. Kρυπτοχριστιανικές κοινότητες επίσης εντοπίστηκαν στην Kύπρο (οι λινομπάμπακοι), στην Aλβανία, στην Kαππαδοκία και στον Πόντο.
Mε το πέρασμα των γενεών συνήθως ολοκληρώνεται ο εξισλαμισμός των ανθρώπων οι οποίοι, αν και ασπάστηκαν το ισλάμ, διατήρησαν αρχικά τις πρακτικές του χριστιανισμού και τη χριστιανική συνείδηση. Αυτός ο ουσιαστικός εξισλαμισμός των τυπικά ήδη μουσουλμάνων είναι συνάρτηση πολλών παραγόντων όπως του αν ο τυπικός εξισλαμισμός αφορούσε μεμονωμένη οικογένεια ή ολόκληρη κοινότητα. Δεν έλειψαν βέβαια και οι περιπτώσεις όπου φαινόμενα συγκρητισμού συγχέονται με το κρυπτοχριστιανικό φαινόμενο. Για παράδειγμα, πολλοί μουσουλμάνοι, επειδή προσέφεραν λάδι για το καντήλι κάποιου αγίου ή άναβαν κερί λόγω του συγκρητισμού στη θρησκεία, κατατάχτηκαν στην κατηγορία των κρυπροχριστιανών, χωρίς ουσιαστικά να ανήκουν σ' αυτήν.