Την εποχή αυτή το βυζαντινό κράτος απασχόλησαν δύο αιρέσεις: η μια, ο Παυλικιανισμός, προϋπήρχε ενώ η δεύτερη, ο Βογομιλισμός, ήταν νέα. Ο Παυλικιανισμός ήταν δυιστική αίρεση που εμφανίστηκε και έδρασε στη Μικρά Ασία τον 7ο αιώνα. Οι Παυλικιανοί παρέμειναν απειλητικοί και κατά τους 7ο, 8ο και 9ο αιώνα, παρά τους επανειλημμένους διωγμούς που υπέστησαν από τους βυζαντινούς αυτοκράτορες. Σύμφωνα με τη θεωρία τους, υπήρχαν δύο θεοί ξεχωριστοί: ο Kοσμοποιητής Σατανάς, θεός του επίγειου κόσμου, και ο επουράνιος θεός, που θα κυβερνούσε την οικουμένη στο μέλλον. Καταδίκαζαν την ύλη ως έργον διαβόλου και απέρριπταν τη γέννηση του Χριστού από την Παρθένο Μαρία, όπως επίσης την ενσάρκωση, το θάνατο και την Ανάστασή Του, τα οποία θεωρούσαν απατηλά ψεύδη. Έδειχναν ακόμη αδιαφορία για την Παλαιά Διαθήκη, τα μυστήρια της Βάπτισης και της Θείας Ευχαριστίας, το σταυρό, τις εικόνες και τα άγια λείψανα, καθώς και για το ορθόδοξο τυπικό του γάμου -αν και δεν καταδίκαζαν το γάμο ως θεσμό.
Στενά συνδεμένη με τους Παυλικιανούς ήταν η αίρεση των Βογόμιλων, που δημιουργήθηκε στη Βουλγαρία στα μέσα του 10ου αιώνα και που ήταν, σύμφωνα με τον πατριάρχη Θεοφύλακτο, κράμα Μανιχαϊσμού και Παυλικιανισμού. Η διδασκαλία των Βογόμιλων συμφωνούσε σχεδόν απόλυτα με αυτήν των Παυλικιανών, με τη διαφορά ότι οι πρώτοι ήταν εντελώς αντίθετοι προς το γάμο. Προφανώς η αίρεση ξεκίνησε από Παυλικιανούς που είχαν εγκατασταθεί στη Βουλγαρία και αναπτύχθηκε, χωρίς να υποστεί σημαντική επίθεση, μέχρι τη βασιλεία του Αλέξιου Α' Κομνηνού (1081-1118).