Η νευραλγική θέση της βυζαντινής αυτοκρατορίας, που απλωνόταν σε τρεις ηπείρους, απαιτούσε άρτια στρατιωτική οργάνωση. Αλλαγές παρατηρούμε και σε αυτό τον τομέα του κράτους καθώς περνάμε στη Μεσοβυζαντινή περίοδο. Η πρωτοβυζαντινή στρατιωτική οργάνωση εξαφανίζεται τον 7ο αιώνα. Στην περίοδο που ακολουθεί διαμορφώνονται δύο βασικές κατηγορίες στρατιωτικών σωμάτων, τα θέματα και τα τάγματα.
Η θεματική οργάνωση του κράτους παρείχε αξιόμαχους ντόπιους στρατιώτες, που αποτέλεσαν τη ραχοκοκαλιά της βυζαντινής άμυνας και επίθεσης. Εκτός από τα θεματικά στρατεύματα, τις βυζαντινές ένοπλες δυνάμεις συμπλήρωναν τα τάγματα της αυτοκρατορικής φρουράς. Αυτά διαμορφώθηκαν ήδη τον 8ο αιώνα και αποτελούνταν από μισθοφόρους, βυζαντινούς ή ξένους.
Στον 9ο αιώνα τα τάγματα διαιρούνταν:
α) στις σχολές, σώματα από έφιππους και πεζούς στρατιώτες με επικεφαλής το δομέστικο των σχολών,
β) στους εξκουβήτορες, που χρησιμοποιούνταν συχνά σε εμπιστευτικές αποστολές με επικεφαλής ένα δομέστικο,
γ) στον αριθμό ή βίγλα, που είχε ως κύρια αποστολή τη φρούρηση του παλατιού και, σε περιπτώσεις εκστρατείας, της αυτοκρατορικής σκηνής με επικεφαλής ένα δρουγγάριο και
δ) στο τάγμα των ικανάτων, που ήταν το νεότερο σώμα της φρουράς και συγκροτήθηκε από το Νικηφόρο Α'.
Τα τάγματα αυτά, σε αντίθεση με την παλιότερη ανακτορική φρουρά, ήταν μάχιμα. Την κυρίως αυτοκρατορική φρουρά αποτελούσε η εταιρία, σώμα ξένων μισθοφόρων που διοικούσε ο εταιριάρχης.

Τον ισχυρό στρατό πλαισίωνε αυτή την περίοδο ένας εξίσου ισχυρός στόλος. Η αραβική επέκταση και κυρίως η ναυτική πολιτική του χαλίφη Μωαβία ανάγκασε τους βυζαντινούς, στα τέλη του 7ου αιώνα, να δημιουργήσουν αξιόμαχο στόλο. Αυτός χωρίστηκε από το Λέοντα Γ' σε μητροπολιτικό στόλο, που ήταν μικρής σημασίας ναυτική δύναμη, και σε θεματικό, που αποτελούσε και την κύρια δύναμη κρούσεως στη θάλασσα.