Κατά τη δεύτερη χιλιετία π.Χ. στις χώρες της Ανατολής και στην Αίγυπτο συνηθιζόταν η τέλεση των θρησκευτικών τελετών σε επιβλητικά κτήρια αφιερωμένα αποκλειστικά στη λατρεία. Οι ναοί αυτοί ήταν σαφώς διαχωρισμένοι από τα κοσμικά κτήρια από άποψη τοπογραφική αλλά και από την άποψη της αρχιτεκτονικής σύλληψης και του διακοσμητικού προγράμματος. Στη Μινωική Κρήτη αντίθετα ο διαχωρισμός ιερών και κοσμικών κτηρίων δεν ήταν τόσο εμφανής, ωστόσο αναγνωρίζονται ειδικοί χώροι λατρείας στα ανάκτορα και στις ιδιωτικές κατοικίες, ενώ παράλληλα διαπιστώνεται η ύπαρξη της υπαίθριας λατρείας σε ιερά κορυφής και σε ιερά σπήλαια.

Στα κτήρια της Μυκηναϊκής Ελλάδας ο εντοπισμός των ιερών χώρων είναι πολύ πιο δύσκολος. Oι αρχαιολογικές και οι εικονογραφικές μαρτυρίες οδηγούν στο συμπέρασμα ότι οι ιερές πράξεις τελούνταν κατά κύριο λόγο στο ύπαιθρο. Oι θρησκευτικές σκηνές που απεικονίζονται στα σφραγιστικά δαχτυλίδια εκτυλίσσονται συχνά σε ορεινά βραχώδη τοπία, κοντά σε ιερά δέντρα και σε πηγές νερού. Στη μυκηναϊκή εικονογραφία αναγνωρίζεται όμως παράλληλα και το γνωστό από τη Μινωική Kρήτη "τριμερές ιερό", ένα τρίκλιτο κτίσμα ελαφριάς κατασκευής διακοσμημένο με ιερά σύμβολα.

Αν και οι αρχαιολογικές μαρτυρίες των υπαίθριων ιερών και των ιερών κορυφής δεν είναι ακόμη αρκετές, από τα μέχρι τώρα ευρήματα γνωρίζουμε ότι στις τοποθεσίες όπου ασκούνταν η μυκηναϊκή λατρεία ιδρύθηκαν αργότερα ναοί της Αρχαϊκής και της Κλασικής περιόδου. Το παλαιότερο μυκηναϊκό ιερό εντοπίστηκε στην Επίδαυρο, κάτω από το ναό του Απόλλωνα Μαλεάτα και χρονολογείται στην Υστεροελλαδική Ι περίοδο. Kατά τον ίδιο τρόπο, ερευνώντας δηλαδή τα βαθύτερα στρώματα των αρχαϊκών και κλασικών ναών, έχουν ανακαλυφθεί υπολείμματα μυκηναϊκών κτηρίων στην Ελευσίνα και τη Δήλο. Την ύπαρξη οργανωμένων ιερών χώρων βεβαιώνουν και τα κείμενα των πινακίδων, όπου καταγράφονται οι προσφορές των υπηκόων και των ηγεμόνων στα ιερά, οι κατάλογοι του προσωπικού των ιερών και ο αριθμός των δούλων που αναλογούσαν σε κάθε ένα από αυτά. Τα ιερά αναφέρονται εκεί συνήθως ως τοπωνύμια, όπως το θρησκευτικό κέντρο της Pa-ki-ja-ne.

Ιεροί χώροι έχουν εντοπιστεί και σε οικιστικά σύνολα. Tα ιερά των οικισμών δεν παρουσιάζουν ιδιότυπο αρχιτεκτονικό σχήμα. Ο χαρακτηρισμός τους γίνεται από την ανεύρεση ιερών σκευών και από την ύπαρξη χτιστών βάθρων, όπου τοποθετούνταν τα ειδώλια και τα τελετουργικά σκεύη. Τέτοιοι ιεροί χώροι έχουν εντοπιστεί στις Μυκήνες, την Πύλο, στο Μπερμπάτι και το Καλαπόδι της Φωκίδας. Τα πιο χαρακτηριστικά και καλοδιατηρημένα ιερά όμως έχουν εντοπιστεί εκτός της ηπειρωτικής Ελλάδας, στη μυκηναϊκή πόλη της Φυλακωπής, στη Mήλο και την Αγία Ειρήνη της Κέας. Στην ακρόπολη των Μυκηνών, το λεγόμενο "θρησκευτικό κέντρο" είναι ένα κτηριακό συγκρότημα που βρίσκεται νοτιοδυτικά του ταφικού περιβόλου Α.

Στα μυκηναϊκά ανάκτορα υπήρχαν επίσης ιεροί χώροι, αν και η επισήμανση τέτοιων χώρων εκεί είναι πιο δύσκολη απ' ό,τι στα μινωικά ανάκτορα. Στη μεγάλη τελετουργική εστία του μεγάρου τελούνταν ίσως σπονδές και θυσίες, ενώ στο θρόνο του άνακτα ίσως έδρευαν οι αρχιερείς ή ο ανώτατος θρησκευτικός ηγέτης. Την ιερότητα του ανακτορικού χώρου υποδεικνύει και το εικονιστικό πρόγραμμα των τοιχογραφιών που κοσμούσαν τους εσωτερικούς χώρους. Οι τοιχογραφίες της Πύλου έχουν συνολικά θρησκευτικό περιεχόμενο, πράγμα που σημαίνει ότι στο χώρο του ανακτόρου τελούνταν ιερές πράξεις. Έτσι, παρά τα λιγοστά δείγματα των σαφώς αναγνωρίσιμων ιερών χώρων, θεωρείται βέβαιο ότι σε κάθε μυκηναϊκό οίκημα, ακρόπολη ή ανάκτορο υπήρχαν ειδικοί χώροι αφιερωμένοι στη λατρεία.