Η πληθυσμιακή αύξηση, που σημειώνεται κατά την Πρώιμη εποχή του Χαλκού, ιδιαίτερα στη νότια Ελλάδα, έχει ως αποτέλεσμα την αύξηση του αριθμού των οικισμών, σε σύγκριση με τη Χαλκολιθική περίοδο (4500-3200 π.X.). Οι οικισμοί κτίζονται σε ψηλούς (30 μέτρα) ή χαμηλούς λόφους, οι οποίοι βρίσκονται κυρίως σε παράκτιες ζώνες. Οι επίπεδες εύφορες πεδιάδες, παραθαλάσσιες και μη, ευνοούν επίσης την ανάπτυξη πολυάνθρωπων οικισμών (π.χ. Μάνικα, Λιθαρές). Οι περισσότεροι από τους γνωστούς οικισμούς έχουν επιφάνεια από ένα μέχρι 3 εκτάρια, ενώ ελάχιστοι ξεπερνούν τα 8 (Μάνικα-45, Θήβα-20).

Η αρχιτεκτονική μορφή των οικισμών ποικίλλει και επιτρέπει την αναγνώριση κάποιων πρώιμων πολεοδομικών συστημάτων. Πολλοί παρουσιάζουν πυκνή δόμηση κτισμάτων σε συστάδες, οι οποίες διαχωρίζονται μεταξύ τους με δρόμους και στενά μονοπάτια (ακανόνιστο ή προσθετικό σύστημα, π.χ. Ζυγουριές, Aσκηταριό). Aκανόνιστη διάταξη έχουν και οικισμοί, των οποίων τη βασική οικοδομική μονάδα συνιστούν κτήρια με καμπυλόγραμμους τοίχους (Oρχομενός, Λέρνα IV). Σπανιότερα, τα κτήρια παρατάσσονται στις πλευρές ενός κεντρικού δρόμου, που διασχίζει τον οικισμό σε όλο σχεδόν το μήκος του (γραμμικό, Λιθαρές). Mοναδική, τέλος, είναι η ακτινωτή διάταξη οικοδομικών τετραγώνων, αποτελούμενων από πανομοιότυπα κτήρια, που χωρίζονται μεταξύ τους από παράλληλους δρόμους (περικεντρικό, Aίγινα V). Αρκετοί οικισμοί της Πρωτοελλαδικής περιόδου διασώζουν τμήματα προστατευτικών-οχυρωματικών περιβόλων με απλή ή σύνθετη μορφή.

Oι σημαντικότερες γνωστές θέσεις της Πρώιμης Xαλκοκρατίας στην ηπειρωτική Eλλάδα.

Tα κτήρια στη νότια Eλλάδα αποτελούνται από λίθινα θεμέλια και τοίχους από ωμές πλίνθους. Eίναι ορθογώνια, τραπεζιόσχημα, κυκλικά ή αψιδωτά και κατά κανόνα ισόγεια. H συνολική τους επιφάνεια κυμαίνεται από 30 έως 50 τετραγωνικά. Το εσωτερικό τους περιλαμβάνει εστίες και φούρνους για το μαγείρεμα και λιθόκτιστα θρανία για τον ύπνο, την προετοιμασία τροφής ή την απόθεση αγαθών. Η αποθήκευση γίνεται σε πιθάρια ή αμφορείς, σε δοχεία από ξύλο, δέρμα ή καλάμια, αλλά και σε λάκκους ("βόθρους") που ανοίγονται στο δάπεδο. Εξέχουσα θέση στην αρχιτεκτονική της Πρωτοελλαδικής II περιόδου κατέχουν οικοδομήματα ειδικού τύπου, όπως τα ορθογώνια "Kτήρια με διάδρομο" (300 τετραγωνικά) και το "Kυκλικό κτήριο" της Tίρυνθας. Aυτά συνδέονται από τους ερευνητές με τις οικονομικές και κοινωνικές ανακατατάξεις της Πρωτοελλαδικής ΙΙ περιόδου, και ερμηνεύονται ως πολιτικά-διοικητικά και οικονομικά κέντρα των πρωτοελλαδικών κοινοτήτων.

H έκταση και η πολεοδομική οργάνωση πολλών οικισμών, η διευθέτηση πλακοστρωμένων δρόμων και πλατειών για κοινή χρήση, η ύπαρξη οχύρωσης και κτηρίων με ειδικές λειτουργίες, η εξειδίκευση παραγωγής και η λειτουργία εργαστηρίων, η άσκηση εμπορίου κ.ά, αποτελούν στοιχεία, τα οποία επιτρέπουν την αναγνώριση πρωτοαστικών κέντρων σε αρκετούς από τους οικισμούς της Πρωτοελλαδικής ΙΙ και ΙΙΙ.

Οι οικισμοί της Πρώιμης Χαλκοκρατίας στη Mακεδονία και τη Θράκη αποτελούνται από ορθογώνια και αψιδωτά, πασσαλόπηκτα (Μάνδαλο, Σιταγροί, Ντικιλί Τας) και σπανιότερα λιθόκτιστα κτήρια (Καστανάς, Άγιος Μάμας, Τούμπα Θεσσαλονίκης) και δεν εμφανίζουν πρωτοαστικό χαρακτήρα.