Ο οικισμός Καστρί κτίστηκε στα τέλη της Πρωτοκυκλαδικής II περιόδου στην κορυφή ενός απόκρημνου λόφου, όχι μακριά από τη θάλασσα. Η έκτασή του υπολογίζεται σε 3,5 έως 5 στρέμματα, όμως η ανασκαφική έρευνα έφερε στο φως τμήμα μόνο του οικισμού. Περιλαμβάνει μικρά λιθόκτιστα κτήρια με ορθογώνια ή καμπυλόγραμμη κάτοψη (αψιδωτά, σχήμα D), τα οποία αποτελούνται από ένα ή δύο δωμάτια. Είναι πυκνοκτισμένα και χρησιμοποιούν εν μέρει κοινούς τοίχους σχηματίζοντας κτηριακές συστάδες, οι οποίες διαχωρίζονται από στενούς ακανόνιστους δρόμους και μικρούς, ανοιχτούς κοινόχρηστους χώρους.

O οικισμός προστατεύεται από οχυρωματικό περίβολο, πάχους περίπου 2 μέτρων. Eίναι κτισμένος, όπως και τα σπίτια, από ακατέργαστες πέτρες μικρού και μεσαίου μεγέθους. Στο εσωτερικό του τείχους εφάπτονται μερικά από τα σπίτια του οικισμού, ενώ εξωτερικά ενισχύεται από έξι, αραιά κτισμένους, πεταλόσχημους πύργους. Σε μικρή απόσταση από αυτούς και σε παράλληλη διάταξη με το τείχος υπάρχει λίθινο προτείχισμα, πάχους περίπου 1 μέτρου, το οποίο δυσχεραίνει την άμεση πρόσβαση προς το εσωτερικό του οικισμού. Όμοια συστήματα οχύρωσης είναι γνωστά από σημαντικά πρωτοαστικά κέντρα της Πρώιμης Χαλκοκρατίας στο Αιγαίο, όπως τη Θερμή Λέσβου (φάση V), τη Λέρνα Aργολίδας (φάση ΙΙΙC) και την Αίγινα V (2200-2050 π.Χ.), τα οποία έχουν εντατικές επαφές με τις Κυκλάδες την περίοδο αυτή. Οχυρωμένοι είναι, εκτός από το Καστρί, και οι σύγχρονοι με αυτό οικισμοί στον Κύνθο Δήλου, τον Πάνορμο Νάξου και τη Μαρκιανή Αμοργού.

Η θέση του οικισμού στον απόκρημνο λόφο, η πυκνή διάταξη και ο πρόχειρος τρόπος δόμησης των σπιτιών, κυρίως όμως η οχύρωση αρκετών γνωστών, σύγχρονων με το Καστρί, κυκλαδικών οικισμών υποδηλώνουν την αναγκαιότητα μεγαλύτερης προστασίας τους στο διάστημα 2450/2400-2200/2150 π.Χ. Η ανάγκη αυτή προκύπτει από ευρύτερες οικονομικές και κοινωνικές ανακατατάξεις, καθώς και από τον αναπτυσσόμενο ανταγωνισμό μεταξύ των ευημερούντων κέντρων των νησιών και της ηπειρωτικής Ελλάδας. Τα κέντρα αυτά διατηρούν εντατικές εμπορικές και πολιτιστικές επαφές, ορατές, εκτός από την αρχιτεκτονική, στην κεραμική και τη μεταλλοτεχνία.

Η ανεύρεση στο Καστρί, καθώς και στο Λευκαντί Ευβοίας, κόκκινης και μαύρης στιλβωμένης κεραμικής και αγγείων, όπως το δέπας αμφικύπελλο, προδίδουν έντονες επιδράσεις ή ακόμη και πιθανές μετακινήσεις πληθυσμών από τα νησιά του βορειοανατολικού Αιγαίου και τα μικρασιατικά παράλια στο κεντρικό Αιγαίο και τα ανατολικά παράλια της ηπειρωτικής Ελλάδας. Τα παραπάνω ενισχύονται και από το γεγονός ότι ο κασσιτερούχος χαλκός που χρησιμοποιήθηκε για την κατασκευή των μπρούντζινων εργαλείων που βρέθηκαν στο Καστρί έχει, σύμφωνα με αρχαιομεταλλουργικές έρευνες, την ίδια χημική σύσταση με εκείνον που χρησιμοποιήθηκε κατά την περίοδο αυτή στην Τροία και την Πολιόχνη Λήμνου. Η χρονική αυτή περίοδος είναι γνωστή ως μεταβατική φάση Λευκαντί I-Καστρί. Στον οικισμό του Καστριού εντοπίστηκε και εργαστήριο μεταλλοτεχνίας, στο οποίο βρέθηκαν ασημένια, μολύβδινα και μπρούντζινα αντικείμενα, πήλινες χοάνες καθώς και μήτρες διπλής όψεως από σχιστόλιθο, για την κατασκευή εργαλείων και όπλων.