Η κατασκευή των θολωτών τάφων προκάλεσε πολλές συζητήσεις σχετικές με την προέλευσή τους, οι οποίες δεν έχουν ακόμη καταλήξει σε κοινώς αποδεκτά πορίσματα. Με τους θολωτούς τάφους έχουν συγκριθεί ευρήματα διαφορετικής προέλευσης και χρονολογίας, όπως ταφικά μνημεία και λείψανα της οικιστικής αρχιτεκτονικής από το Αιγαίο, την Κύπρο και την Αφρική.

Μία από τις θεωρίες υποστηρίζει ότι τα πρότυπα των θολωτών τάφων ήταν οι θολωτές κατοικίες της Συρίας, που ανήκουν στον πολιτισμό Χαλάφ της Χαλκολιθικής εποχής. Κατά μία άλλη θεωρία προέρχονται από τους κυκλικούς τάφους της Nουβίας, της εποχής του Παλαιού Βασιλείου, αφού μάλιστα πολλά, κάπως μεταγενέστερα ευρήματα στην Κρήτη μαρτυρούν τις επαφές με τη χώρα αυτή, με τη διαφορά ότι οι τάφοι της Νουβίας έχουν επίπεδη στέγη. Μία άλλη σύγκριση παρέχεται από τα κυκλικά σπίτια της Πρώιμης Νεολιθικής εποχής στη Xοιροκοιτία της Κύπρου. Στον αιγαιακό χώρο υπάρχουν μικροί κυκλικοί τάφοι στην Kεφάλα της Kέας από την Τελική Νεολιθική. Oι τάφοι αυτοί είναι όμως πολύ μικροί σε σχέση με τους μεγάλους θολωτούς τάφους της Kρήτης και είναι δύσκολο να υποτεθεί κυκλαδική επίδραση, αφού οι μινωικοί θόλοι συγκεντρώνονται στη νότια Kρήτη, όπου η κυκλαδική παρουσία δεν είναι τόσο έντονη.

Μία εντελώς διαφορετική άποψη υποστηρίζει ότι οι θολωτοί τάφοι με τον ευρύ κυκλικό τους χώρο, μιμούνται τα σπήλαια, που ήταν οι συνηθισμένοι ταφικοί χώροι της Τελικής Νεολιθικής περιόδου. Πράγματι το γεγονός ότι οι θολωτοί τάφοι εμφανίζονται στην κοιλάδα της Mεσαράς, σε μία περιοχή όπου δεν υπήρχαν σπήλαια, ίσως σημαίνει τη υιοθέτηση του συνηθισμένου σχήματος των τάφων για την εξυπηρέτηση της ίδιας ανάγκης.