Στην Κρήτη επικρατεί το παράκτιο μεσογειακό κλίμα. Τα χαρακτηριστικά του κλίματος αυτού είναι οι υψηλές θερμοκρασίες, η ξηρασία, τα άνυδρα καλοκαίρια και οι υγροί χειμώνες. Η χλωρίδα σε περιοχές με τέτοιο κλίμα είναι αειθαλής και σκληρόφυλλη. Oι κλιματικές συνθήκες που επικρατούν στην Κρήτη, παρατηρούνται σε ελάχιστα άλλα μέρη της γης, όπως στη νότια Kαλιφόρνια, τη Xιλή, τη νοτιοδυτική Aυστραλία και τη νότια Aφρική. Σε αυτές τις περιοχές η θερμοκρασία κυμαίνεται από τους 32 μέχρι τους 40 βαθμούς Κελσίου. Οι μεγάλες διακυμάνσεις του κλίματος, που παρατηρούνται σε διάφορες θέσεις της Κρήτης και οι άμεσες επιπτώσεις τους στη χλωρίδα εξαρτώνται κυρίως από την απόστασή τους από τη θάλασσα και από το υψόμετρο. Έτσι τα ψηλά βουνά εκτίθενται μόνιμα σε χαμηλές θερμοκρασίες και χιονοπτώσεις τους χειμερινούς μήνες, ενώ οι βουνοκορφές είναι καθ' όλη σχεδόν τη διάρκεια του έτους καλυμμένες από χιόνι. Το κλίμα στην περιοχή του Αιγαίου διαμορφώθηκε από το ύστερο Πλειστόκαινο μέχρι το πρώιμο Ολόκαινο. Όλα τα στοιχεία μέχρι τώρα δείχνουν ότι το κλίμα που επικρατούσε κατά την Μινωική εποχή ήταν παρόμοιο με το σημερινό.