Το κτηριακό συγκρότημα της Αγίας Τριάδας θεωρείται έπαυλη ή μικρό ανάκτορο, όπως και το μικρό ανάκτορο της Κνωσού. Η Aγία Τριάδα βρίσκεται κοντά στο ανάκτορο της Φαιστού. Το ανάκτορο κτίστηκε στο τέλος της Μεσομινωικής περιόδου (2000-1550 π.Χ.) και καταστράφηκε από φωτιά γύρω στο 1400 π.X. Η έπαυλη της Aγίας Tριάδας θεωρείται ότι χρησιμοποιήθηκε από τον άνακτα της Φαιστού μετά την καταστροφή του ανακτόρου, αλλά ίσως να χρησιμοποιόταν παράλληλα με το ανάκτορο της Φαιστού. Αυτό το συγκρότημα χαρακτηρίζεται από ανυπέρβλητη κομψότητα. Για την κατασκευή του χρησιμοποιήθηκαν τα πιο πολύτιμα υλικά που είχαν στη διάθεσή τους οι Μινωίτες. Οι τοίχοι ήταν επενδυμένοι με γυψολιθικές πλάκες και διακοσμημένοι με τοιχογραφίες, που ξεπερνούν σε αριθμό τις τοιχογραφίες όλης της μινωικής Κρήτης. Τα διαμερίσματα της έπαυλης σχηματίζουν ένα ακανόνιστο σχήμα L. Μία σειρά από κλιμακοστάσια οδηγούσαν στον επάνω όροφο. Στο νότιο τμήμα, που ήταν πολύ απλά κατασκευασμένο, βρίσκονταν μάλλον οι βοηθητικοί χώροι. Σε έναν από αυτούς βρέθηκε το περίφημο λίθινο κύπελλο της αναφοράς.

Στο βορειοδυτικό τμήμα βρίσκονταν οι χώροι κατοικίας του άνακτα. Τα δάπεδα καλύπτονταν από κόκκινο κονίαμα. Η κεντρική αίθουσα συνδέεται, μέσω δύο πολυθύρων, με μία περίστυλη αυλή και ένα φωταγωγό. Στη δυτική πρόσοψη έχουν διατηρηθεί τα υπολείμματα ενός κλιμακωτού δρόμου που ονομάστηκε από τους ανασκαφείς ράμπα της θάλασσας. Στη βόρεια πτέρυγα βρίσκεται μία σειρά αποθηκών με τεράστια πιθάρια. Ανατολικά των αποθηκών υπήρχαν πολυτελή διαμερίσματα με πολύθυρα και φωταγωγούς. Nοτιότερα, στο ανατολικό τμήμα της εγκατάστασης βρισκόταν μία σειρά ιερών, που οριοθετούνταν από τη ράμπα της θάλασσας και έναν πλακοστρωμένο δρόμο που οδηγούσε στη Φαιστό. Μετά την καταστροφή της έπαυλης, τα ιερά επεκτάθηκαν και πάνω από τα ερείπια των υπολοίπων χώρων. Ανάμεσα στα κτήρια της εποχής της μυκηναϊκής κυριαρχίας ξεχωρίζει το τριμερές μέγαρο ενός αχαιού ηγέτη, που θυμίζει τους ανάλογους χώρους των μυκηναϊκών ανακτόρων.

Στην έπαυλη της Αγίας Τριάδας βρέθηκαν, εκτός από πολλά εξαιρετικά δείγματα της κεραμικής τέχνης, ένα σημαντικό αρχείο από πινακίδες Γραμμικής Β, δείγματα λιθοτεχνίας, τρία λίθινα αγγεία με ανάγλυφες παραστάσεις, το κύπελλο της αναφοράς, το ρυτό των πυγμάχων και το αγγείο των θεριστών. Από τα πιο ιδιόμορφα ευρήματα που βρέθηκαν στην Αγία Τριάδα, είναι ένα πήλινο ομοίωμα της μινωικής θεάς σε κούνια. Σε μια αποθήκη επίσης βρέθηκαν εννέα χάλκινα τάλαντα και ένας θησαυρός σφραγισμάτων. Το πιο σημαντικό, όμως, και από πολλές απόψεις ενδιαφέρον εύρημα είναι η σαρκοφάγος της Αγίας Τριάδας.