Το κείμενο του δίσκου αποτελείται από μία σειρά συμβόλων που εντάσσονται σε συνεχόμενα τμήματα μιας ελικοειδούς ζώνης και διαβαζόταν με φορά από την περιφέρεια προς το κέντρο. Τα σύμβολα έχουν αποτυπωθεί στην επιφάνεια του πηλού, όσο αυτός ήταν ακόμη νωπός. Η διάταξη του κειμένου είχε προσχεδιαστεί έτσι ώστε να χωρέσουν όλα τα σύμβολα στον περιορισμένο χώρο της επιφάνειάς του. Στη δεύτερη πλευρά του δίσκου συνεχιζόταν το κείμενο της πρώτης. Ανάμεσα στα έντυπα σύμβολα διακρίνονται απεικονίσεις ανθρώπινων μορφών και αντικειμένων αλλά και απλά γραμμικά σύμβολα. Η επιγραφή αποτελείται από 242 σημεία που εντάσσονται σε 61 ομάδες. Μερικά από αυτά επαναλαμβάνονται αρκετές φορές. Ο αριθμός των συμβόλων είναι 45 αλλά υπολογίζεται ότι η γραφή στην οποία γράφτηκε το κείμενο του δίσκου διέθετε τουλάχιστον 60 διαφορετικά σύμβολα. Σύμφωνα με τις τελευταίες έρευνες η επιγραφή του δίσκου αντιπροσωπεύει ένα απλό συλλαβικό σύστημα.

Το σύστημα γραφής του δίσκου της Φαιστού δεν παρουσιάζει συγγένεια με τις μεταγενέστερες γραφές της μινωικής Κρήτης. Η ομοιότητα μερικών ιδεογραμμάτων του δίσκου με ορισμένα στοιχεία της ιερογλυφικής και των γραμμικών γραφών φαίνεται ότι είναι τυχαία. Αντίθετα, η ομοιότητα ορισμένων συμβόλων με χαρακτηριστικά εικονιστικά σύμβολα της παλαιοανακτορικής τέχνης, όπως ο ναυτίλος, το πλοίο, ο ρόδακας και οι κεφαλές αίλουρων, υποδεικνύει μία πολιτιστική συνάφεια της γλώσσας του δίσκου με το μινωικό πολιτισμό.