Στο σπήλαιο Αλεπότρυπα Διρού σημειώνεται επανειλημμένα το έθιμο της ομαδικής ανακομιδής κρανίων, χωρίς την κάτω σιαγόνα, σε διαφορετικά σημεία του σπηλαίου (π.χ. "οστεοφυλάκιο" 19 κρανίων) τόσο κατά τη Νεότερη, όσο και κατά την Τελική Νεολιθική. Επίσης σε κόγχες του σπηλαίου σημειώνεται το έθιμο καύσης παιδιών, στα οποία προσφέρεται πλήθος αγγείων με γραπτή διακόσμηση, που σπάζονταν στη διάρκεια της καύσης. Η ξεχωριστή ποιότητα και πληθώρα των γραπτών αυτών αγγείων θα πρέπει να συσχετιστεί είτε με τη νεαρότατη ηλικία αποβίωσης είτε με την κοινωνική προέλευση των παιδιών.

Την κοινωνική διαφοροποίηση που σημειώνεται κατά τις τελευταίες φάσεις της Νεολιθικής, αντανακλούν τα νεκροταφεία που ανασκάφθηκαν στην Κεφάλα Κέας, τα Θαρρούνια Ευβοίας και το Γυαλί Δωδεκανήσου. Περιλαμβάνουν ταφές απλές ή πολλαπλές, στην καθιερωμένη συνεσταλμένη (εμβρυακή) στάση, μέσα σε λάκκους ορθογώνιους ή ελλειψοειδείς. Τα τοιχώματα των λάκκων επενδύονται με πέτρες (Κεφάλα, Θαρρούνια) και καλύπτονται με πλάκες. Στους νεκρούς προσφέρονται αγγεία και, σπανιότερα, ειδώλια (Κεφάλα Κέας).

Τέλος, μοναδικό δείγμα για τα ταφικά έθιμα της Νεολιθικής αποτελεί ο θαλαμοειδής τάφος που βρέθηκε στο χώρο της Αρχαίας Αγοράς των Αθηνών. Ο τάφος αποτελούνταν από όρυγμα μήκους 3 μέτρων και πλάτους 79-90 εκατοστών και οδηγούσε σε λαξευμένο θάλαμο με ταφή άνδρα σε συνεσταλμένη στάση, στον οποίο είχαν προσφερθεί δυο αγγεία. Ο τάφος αυτός αποτελεί ξεχωριστή κατασκευή για τη Νεολιθική, απηχεί πιθανότατα την κοινωνική θέση του νεκρού και είναι το αρχαιότερο δείγμα θαλαμοειδούς τάφου στον ελλαδικό χώρο.