Kεντρική ιδέα της μινωικής θρησκείας είναι η λατρεία της θεάς της γονιμότητας, της οποίας ο εραστής γεννιέται και πεθαίνει κάθε χρόνο, συμβολίζοντας έτσι την αναγέννηση της φύσης. H παρατήρηση του κύκλου της φύσης οδήγησε στην προσωποποίηση ενός γονιμοποιητικού στοιχείου, του νεαρού θεού, που γεννιέται και πεθαίνει. Η θεά, που ορίζεται και ως μεγάλη μητέρα, είναι η σύζυγος του θεού. O ιερός γάμος, ένα θρησκευτικό θέμα που απεικονίζεται και στην τέχνη μεταγενέστερων περιόδων, συμβολίζει την ένωση των δύο θεών. Τελετουργικές αναπαραστάσεις γάμων γίνονταν για να συντείνουν στη γονιμοποίηση και την καρποφορία. Παρόμοια ζεύγη θεών συναντώνται και σε ανατολικές θρησκείες. H γέννηση και ο θάνατος του θεού συμπίπτει αντίστοιχα με την ετήσια αναγέννηση και το μαρασμό της βλάστησης. Μερικές θρησκευτικές τελετές θυμίζουν μαγικές τελετουργίες που γίνονταν για να προκαλέσουν την παραγωγική λειτουργία των φυσικών δυνάμεων, οι οποίες εμφανίζονται προσωποποιημένες. Οι σχετικές με τη βλάστηση μινωικές τελετές θυμίζουν τη λατρεία της Mητέρας και Kόρης στην Eλευσίνα των κλασικών χρόνων, η οποία μάλλον ανάγεται σε προελληνικούς χρόνους. Ενδείξεις προς αυτήν την κατεύθυνση προσφέρουν ορισμένα αρχαιολογικά ευρήματα της Ύστερης Χαλκοκρατίας, όπως ένα ελεφάντινο ειδώλιο-σύμπλεγμα από τις Mυκήνες που αναπαριστά δύο θεές με ένα βρέφος.

Εκτός από τις απεικονίσεις της θεότητας και των δεομένων, στις λατρευτικές σκηνές εμφανίζονται μερικές φορές και διάφορα ζώα ή φανταστικά όντα με ενδιάμεση μορφή ανθρώπου-ζώου, τα οποία ερμηνεύονται ως δαίμονες της βλάστησης που συμμετέχουν στη λατρεία. Ίσως όμως οι μορφές αυτές να μην αναπαριστούν κάποιες ζωόμορφες θεότητες αλλά ιερείς που φορούσαν ζωόμορφες μάσκες κατά τη διάρκεια τελετών.

Η μινωική θεά απεικονίζεται σε τόσες πολλές διαφορετικές σκηνές ώστε να υπάρχουν αμφιβολίες για το αν πρόκειται για μία ή για διαφορετικές θεότητες. Απεικονίζεται σε κορυφή όρους μεταξύ δύο λεόντων, ως Ορεία Μήτηρ ή Πότνια Θηρών, ως θεά του ιερού δέντρου, θεά των όφεων, των περιστεριών ή των μηκώνων. Η θεά εμφανίζεται επίσης σε πολεμικές παραστάσεις με ξίφος και ασπίδα και άλλες φορές σε θαλασσινό ταξίδι. Γνωστό εικονιστικό θέμα αποτελεί επίσης η μητέρα-θεά κουροτρόφος. Τα διάφορα σύμβολα της θεάς συμβολίζουν τις διαφορετικές της ιδιότητες. Έτσι τα φίδια μαρτυρούν το χθόνιο χαρακτήρα της, τα περιστέρια είναι το σύμβολο του ουράνιου πεδίου και οι υπνοφόρες παπαρούνες τα σύμβολα της μητρικής θεάς, που κατευνάζει τα νήπια. Κατά μία ερμηνεία οι διάφορες εκφάνσεις της μινωικής θρησκείας συντείνουν στο μονοθεϊσμό.

Τα πρώτα πλήρως διαμορφωμένα στοιχεία της μινωικής θρησκείας εμφανίζονται ήδη κατά τη διάρκεια της Προανακτορικής περιόδου. Μετά την κατάρρευση του μινωικού πολιτισμού η μινωική θρησκεία επηρέασε τη μυκηναϊκή και στη συνέχεια τη θρησκεία της Αρχαιότητας. Οι επιβιώσεις της φαίνονται σε μερικά ονόματα θεοτήτων της βλάστησης, που είναι προελληνικά, όπως Δίκτυννα, Bριτόμαρτυς, Αριάδνη και Yάκινθος. Πολλά από τα σύμβολα της μινωικής θεάς συνοδεύουν γυναικείες θεότητες των αρχαίων χρόνων. Η Αθηνά, η θεά του πολέμου, απεικονίζεται με όπλα, η Eιλείθυια σχετίζεται με τον τοκετό, η Άρτεμις είναι η θεά των θηρίων, η Αφροδίτη συμβολίζεται με τα περιστέρια, η Δήμητρα με τους μήκωνες, ενώ τα λιοντάρια συναντώνται στη λατρεία της Kυβέλης. Ειδικά στη θρησκεία της Mικράς Aσίας βρίσκονται θεότητες που αντιστοιχούν στη μινωική θεά, όπως μία πολεμική θεά των Xετταίων, που είχε για σύμβολά της τον πάνθηρα, το λιοντάρι αλλά και το περιστέρι.

Αντίθετα με τις γυναικείες θεότητες, οι άνδρες θεοί του μεταγενέστερου ελληνικού δωδεκαθέου, δεν ανταποκρίνονται στους συμβολισμούς του μινωικού κόσμου. Αυτό δείχνει ότι το πάνθεον της ελληνικής Αρχαιότητας αποτελείτο μάλλον από άρρενες θεούς ινδοευρωπαϊκής προέλευσης, που αναμίχθηκαν με το προελληνικό στοιχείο των γυναικείων θεοτήτων.