Ο πρωτομινωικός οικισμός της Μύρτου βρίσκεται στη θέση Φούρνου Κορυφή, κοντά στη νότια ακτή της Ιεράπετρας. Ο οικισμός κτίστηκε κατά την Πρωτομινωική ΙΙ περίοδο και καταστράφηκε στο τέλος της ίδιας περιόδου από φωτιά.
Η εξωτερική πλευρά αυτού του οικοδομικού συγκροτήματος περικλειόταν από ένα συνεχή εξωτερικό περίβολο, που διακοπτόταν από δύο εισόδους. Μία κυκλική οχυρωματική κατασκευή, που προστάτευε τη νότια είσοδο, δείχνει την ανάγκη στοιχειώδους άμυνας, ένα στοιχείο που δεν εμφανίζεται πάλι στους οικισμούς της Κρήτης μέχρι και το τέλος της εποχής του Χαλκού. Οι τοίχοι, που είχαν κατασκευαστεί από ακατέργαστες πέτρες, θυμίζουν την απλή τοιχοδομία της Νεολιθικής περιόδου. Οι εσωτερικοί τοίχοι ήταν καλυμμένοι με κόκκινο ή καστανό κονίαμα, όπως οι πρωτομινωικές οικίες της Βασιλικής. Η στέγη είχε κατασκευαστεί από καλάμια ενωμένα με λάσπη και τα δάπεδα είχαν σχηματιστεί από πατημένο χώμα.

Στο εσωτερικό του οικισμού δεν υπήρχαν ανεξάρτητα κτίσματα αλλά χώροι που συνδέονταν μεταξύ τους με διαδρόμους, που φαίνεται ότι κατασκευάστηκαν σε δύο οικοδομικές περιόδους. Νεότερες έρευνες έδειξαν ότι το οικοδομικό συγκρότημα αποτελείται από πέντε ή έξι ισομεγέθεις οικοδομικές ενότητες, όπου ζούσαν περίπου 50 οικογένειες. Σύμφωνα με αυτή τη διαπίστωση η Μύρτος προσφέρει μια ένδειξη της σχετικής ισοτιμίας της πρωτομινωικής κοινωνίας.

Συγκεκριμένοι χώροι του οικισμού αναγνωρίζονται ως εργαστηριακοί. Ένας από αυτούς αποτελεί το εργαστήριο ενός αγγειοπλάστη, εφόσον εκεί βρέθηκαν πρώιμοι αγγειοπλαστικοί δίσκοι, ενώ σε έναν άλλο γίνονταν υφαντικές εργασίες. Στους αποθηκευτικούς χώρους βρέθηκε ένας μεγάλος αριθμός πιθαριών. Από τον οικισμό της Μύρτου προέρχεται ένα πλήθος από πρωτομινωικά σφραγίσματα και σφραγίδες, μερικές από τις οποίες είναι ημιτελείς. Στο εσωτερικό του οικισμού εντοπίστηκε και ένα από τα πρωιμότερα ιερά της μινωικής Κρήτης. Στο βωμό αυτού του ιερού βρέθηκε και ένα ιδιότυπο ειδώλιο θεότητας, η θεά της Μύρτου, που κρατά ένα προχυτικό αγγείο.