Από τους 1.220.000 πρόσφυγες (το 53% είχε αστική προέλευση, ενώ το 47% αγροτική) 579.000 εγκαταστάθηκαν στην ύπαιθρο και 653.000 σε αστικά κέντρα. Στη Μακεδονία εγκαταστάθηκαν 638.253 (από αυτούς 446.094 σε αγροτικές περιοχές), στη Δυτική Θράκη 107.607 (72.00 σε αγροτικές περιοχές), στα νησιά του Αιγαίου 56.613, στην Κρήτη 33.900, στην Ήπειρο 8.179 και στην Παλαιά Ελλάδα 377.297, από τους οποίους 343.721 σε αστικά κέντρα. Για να ενισχυθούν οι προσφυγικές οικογένειες της υπαίθρου, η E.A.Π. και η κυβέρνηση διένειμαν πάνω από 245.000 ζώα και μεγάλες ποσότητες γεωργικών εργαλείων. Τα 2/3 των εξόδων της Eπιτροπής δαπανήθηκαν στη Μακεδονία με αποτέλεσμα να αναζωογονηθεί το τμήμα αυτό της Ελλάδος σε τέτοιο βαθμό, ώστε, σύμφωνα με τις εντυπώσεις του εκπροσώπου της Tράπεζας της Aγγλίας στην E.A.Π. Κάμπελ το 1930, δυσκολευόταν κανείς να αναγνωρίσει τον έρημο τόπο του 1923 "εκεί που προηγουμένως έβλεπες τεράστιες ακαλλιέργητες εκτάσεις υπάρχουν σήμερα χωριά που ανθούν, γεμάτα ζωή και με φανερά τα σημάδια της άνεσης και σε μερικές περιπτώσεις της ευμάρειας [...] Τα αποτελέσματα αυτά οφείλονται κυρίως στο θάρρος, την ενεργητικότητα, την εργατικότητα και τη δεκτικότητα σε νέες ιδέες που χαρακτηρίζουν την πλειοψηφία των προσφύγων".

Ωστόσο, αν η εγκατάσταση των προσφύγων σε αγροτικές περιοχές, που αποτέλεσε και το κύριο έργο της Ε.Α.Π. και απορρόφησε το μεγαλύτερο μέρος των πόρων που διέθετε, πραγματοποιήθηκε με αρκετή επιτυχία, η εγκατάσταση στα αστικά κέντρα παρουσίασε μεγαλύτερες δυσχέρειες. Όταν η Επιτροπή άρχισε να λειτουργεί, η κυβέρνηση είχε ήδη προωθήσει ένα σχέδιο εγκατάστασης στα ακραία σημεία των πόλεων. Το μεγάλο ποσοστό των νεοαφιχθέντων είχε άλλωστε καταλάβει κοινόχρηστους χώρους, θέατρα, σχολεία, εκκλησίες και αποθήκες. Η μόνιμη εγκατάστασή τους κοντά στο χώρο της εργασίας τους αποτέλεσε κύριο μέλημα της κυβέρνησης. H έλλειψη στέγης, που υπήρχε στην Αθήνα και στη Θεσσαλονίκη και πριν από την Καταστροφή, επιδεινώθηκε μετά το 1923. Το 1924 η πρωτεύουσα, με πληθυσμό διπλάσιο σχεδόν από ό,τι είχε το 1918 (περίπου μισό εκατομμύριο), χρειαζόταν 15.000 πρόσθετες κατοικίες, παρά το γεγονός ότι το κράτος είχε κατασκευάσει 9.000 κατοικίες ειδικά για τους πρόσφυγες. Στη Θεσσαλονίκη το στεγαστικό πρόβλημα ήταν οξύτερο, καθώς η πόλη είχε πληγεί το 1917 από την καταστροφική πυρκαϊά. Η εγκατάσταση στα αστικά κέντρα στοίχισε στην Ε.Α.Π. το 1\5 από ό,τι οι αγροτικές εγκαταστάσεις. Ως το τέλος του 1929 η επιτροπή είχε χτίσει 27.000 περίπου κατοικίες σε 125 νέους συνοικισμούς και το κράτος 25.000 κατοικίες, χωρίς να έχει λυθεί το πρόβλημα της άθλιας διαβίωσης σε αυτοσχέδιες παράγκες 30.000 περίπου προσφυγικών οικογενειών. Στα υλικά προβλήματα, που η ζωή στις πόλεις δημιουργούσε για τους νεοφερμένους, πρέπει να προστεθούν οι δυσκολίες συμβίωσης και ενίοτε η ένταση στις σχέσεις των προσφύγων με τους αυτόχθονες.