Oι σχέσεις τους ελληνικού κράτους με την Eθνική Tράπεζα στα μέσα της δεκαετίας του 1920 πέρασαν πολλές εντάσεις αναφορικά με τις προοπτικές του τραπεζικού συστήματος. Όπως σημειώνει ο Κώστας Βεργόπουλος, "Η αντίθεση κράτους και ΕΤΕ ήταν μια έκφραση των σοβαρών διαρθρωτικών αλλαγών που κυοφορούνταν κατά το μεσοπόλεμο. Στην ουσία το Κράτος την εποχή αυτή χειραφετείται από την κηδεμονία της ΕΤΕ και αφαιρεί διαδοχικά ορισμένες λειτουργίες που ως τότε αυτή ασκούσε σωρευτικά: α) το 1927 αφαιρείται ο κλάδος της υποθηκικής πίστης και μεταβιβάζεται στην ιδρυόμενη από το κράτος Εθνική Κτηματική Τράπεζα, β) το 1928 αφαιρείται η έκδοση και διαχείριση του νομίσματος και ο τομέας των προεξοφλήσεων, που μεταβιβάζεται στην Τράπεζα της Ελλάδος, γ) το 1929 αφαιρείται η αγροτική πίστη, η οποία μεταβιβάζεται στην Αγροτική Τράπεζα της Ελλάδος." Mε μεγάλη ένταση τέθηκε το ζήτημα της αγροτικής πίστης, του φορέα δηλαδή που θα διαχειριζόταν τα αγροτικά δάνεια. Eξίσου δυναμικά συζητήθηκε η τύχη των καλυμμάτων σε χρυσό που επέτρεπαν την έκδοση τραπεζογραμματίων, τα οποία, αφού είχε πλέον αποφασιστεί πως θα ιδρυθεί μια κρατική εκδοτική τράπεζα, έπρεπε να περάσουν από την κατοχή της Eθνικής στην ευθύνη της Tράπεζας της Eλλάδος.

Στις 23 Φεβρουαρίου 1928 υπογράφτηκε σύμβαση ανάμεσα στο Δημόσιο και την ΕΤΕ για την ίδρυση και τη λειτουργία της Γεωργικής Τραπέζης ως αυτόνομου οργανισμού κοινωφελούς χαρακτήρα, χωρίς όμως να υποβληθεί στη Βουλή για νομοθετική κύρωση, με το σκεπτικό ότι τα κεφάλαια που παραχωρούνταν στην Τράπεζα δεν επαρκούσαν για τη λειτουργία της. Σε σχέση με την τύχη των καλυμμάτων της ΕΤΕ, τα πράγματα ήταν ακόμη πιο περίπλοκα. Πέρα από την αρχική αξία κτήσης των συγκεκριμένων ποσοτήτων χρυσού, την οποία η Eθνική συμφώνησε να αποδώσει στο κράτος, η τράπεζα παρακράτησε την υπεραξία που δημιουργήθηκε κατά την περίοδο που διαχειριζόταν αυτή τα καλύμματα. Aπό την άλλη, πολιτικοί όπως ο Αλέξανδρος Παπαναστασίου είχαν εμφαντικά υποστηρίξει την άποψη ότι και τα καλύμματα των τραπεζογραμματίων αλλά και η υπεραξία τους, που είχε αυξηθεί υπέρμετρα εξαιτίας της πολιτικής σταθεροποίησης του νομίσματος, έπρεπε να περιέλθουν στο κράτος και να διατεθούν μάλιστα για την ενίσχυση των κεφαλαίων της Γεωργικής Τράπεζας (αγόρευση στη Βουλή, 24/4/1928). Η κυβέρνηση όμως με υπουργό Οικονομικών το Γ. Καφαντάρη, παραδέχτηκε τη διεκδίκηση της ΕΤΕ και της αναγνώρισε το δικαίωμα κατοχής της υπεραξίας των καλυμμάτων ως αποζημίωση για την αφαίρεση του εκδοτικού προνομίου (νόμος 3483/1928). Η μερική συνηγορία του Ελευθέριου Βενιζέλου με την άποψη Παπαναστασίου προκάλεσε και την πτώση της κυβέρνησης Ζαΐμη. Ο Βενιζέλος είχε με επιστολή του προς τον Καφαντάρη υποστηρίξει ότι η υπεραξία των σε στερλίνες καλυμμάτων -υπεραξία που οφειλόταν αποκλειστικά στο νόμο για τη σταθεροποίηση της δραχμής- έπρεπε να περιέλθει στο κράτος. Έτσι, κατά το Βενιζέλο, στην ΕΤΕ οφείλονταν 560.000.000 δραχμές αντί των 1.200.000.000 δραχμών που πήρε. Η κυβέρνηση Ελ. Βενιζέλου που προήλθε από τις εκλογές της 19ης Αυγούστου 1928 ανάγκασε την ΕΤΕ να δεχτεί νέο διακανονισμό για τα καλύμματα που ρυθμίστηκε με τη σύμβαση της 3ης Ιουνίου 1929 -σύμβαση η οποία περιλάμβανε και τις υποχρεώσεις της ΕΤΕ προς τη Γεωργική Τράπεζα. Τέλος, στις 27/6/1929 υπογράφτηκε σύμβαση ανάμεσα στο Δημόσιο και την ΕΤΕ "περί συστάσεως και λειτουργίας της Αγροτικής Τραπέζης".