Από τα τέλη της Νεολιθικής και μετά ο αριθμός των νέων θέσεων στο νότιο Αιγαίο αυξάνεται αισθητά. ΄Ενας σημαντικός αριθμός νέων μικρών αγροτικών οικισμών ιδρύεται στη Βοιωτία, τη νότια Εύβοια και την Αργολίδα, ενώ συνεχίζεται ο εποικισμός των Κυκλάδων και των Δωδεκανήσων που ξεκίνησε την προηγούμενη περίοδο (Κεφάλα Κέας, σπήλαιο Ζα στη Νάξο, Φτελιά στη Μύκονο, Παρθένι στη Λέρο, Αλίμνια στη Ρόδο, Γιαλί στη Νίσυρο). Σημειώνεται επίσης μία αισθητή αύξηση κατοίκησης σπηλαίων στο νότιο Αιγαίο (Θαρρούνια Εύβοιας, σπήλαιο Κίτσου Αττικής, σπήλαιο Αλεπότρυπας Διρού, σπήλαιο Ζα Νάξου κ.ά.).

Η εμφάνιση των νέων αυτών οικισμών, που βρίσκονται είτε σε περιφερειακές ζώνες της ενδοχώρας (λόφοι, ορεινοί όγκοι) είτε στα παράλια, μαρτυρεί επέκταση της καλλιέργειας σε δευτερεύουσας σημασίας ζώνες (π.χ. μακριά από ποτάμια αλλά κοντά σε εναλλακτικές πηγές νερού, όπως μέρη με μεγαλύτερες βροχοπτώσεις) και ανάγκη για πρόσβαση στη θάλασσα.

Η πρώτη προτίμηση δηλώνει εντατικοποίηση της αγροτικής παραγωγής και επέκταση σε οικολογικές ζώνες που μέχρι τώρα δεν τις είχαν εκμεταλλευτεί. Η στροφή προς τα σπήλαια έχει συνδεθεί επίσης με την ανάπτυξη της κτηνοτροφίας και ιδιαίτερα με αλλαγές στη χρήση των ζώων (εκτροφή των ζώων για το γάλα, το δέρμα και το μαλλί τους). Οι περιορισμένες ενδείξεις, όμως, που έχουμε από τα δεδομένα των μέχρι τώρα ανασκαμμένων οικισμών αυτής της περιόδου δε συνηγορούν υπέρ της τόσο πρώιμης υιοθέτησης των αλλαγών χρήσης του ζωικού κεφαλαίου. Σαφείς αλλαγές μαρτυρούνται από την επόμενη περίοδο (Πρώιμη εποχή του Χαλκού) και μετά. Έτσι, η αιτία της ξαφνικής στροφής προς τα σπήλαια στα τέλη της Νεολιθικής παραμένει ακόμα ασαφής.

Η δεύτερη επιλογή, που περιλαμβάνει την εγκατάσταση στα παράλια, υπογραμμίζει την αύξουσα βαρύτητα της πρόσβασης στα θαλάσσια δίκτυα επικοινωνιών. Οι παράλιοι οικισμοί έχουν συνήθως μικρή διάρκεια ζωής, εξαιτίας των δύσκολων συνθηκών διαβίωσης στο σχετικά άγονο περιβάλλον του νότιου Αιγαίου (μεγαλύτερη ξηρασία, συχνότερες απώλειες πηγών νερού). Η εμμονή όμως στην επιλογή των παράλιων τοποθεσιών για κατοίκηση που σημειώνεται αυτήν την εποχή δηλώνει τη σπουδαιότητα της γεωγραφικής θέσης των νέων αυτών οικισμών και την ανάγκη να εξασφαλιστεί η ενεργός συμμετοχή τους στα αιγαιακά και βαλκανικά συστήματα ανταλλαγών.