Για τον προσδιορισμό της χλωρίδας και της πανίδας μιας αρχαιολογικής θέσης βασική πηγή αποτελούν οι σπόροι και το οστεολογικό υλικό που βρέθηκε σ’ αυτήν. Η συστηματική μελέτη των οργανικών αυτών καταλοίπων γίνεται τα τελευταία χρόνια από ειδικούς επιστήμονες (Παλαιοεθνοβοτανολογίας και Ζωοαρχαιολογίας) και έχει πλουτίσει τις γνώσεις μας σε σχέση με τη διατροφή του προϊστορικού ανθρώπου.

Τα λείψανα φυτών που ανευρίσκονται στις ανασκαφές περιλαμβάνουν σπόρους, σταχίδια, λέπυρα και ραχίδια σε απανθρακωμένη μορφή που οφείλεται σε πυρκαγιά του χώρου που φυλάσσονταν (αποθηκευτικοί χώροι, φούρνοι). Η μορφολογία των απανθρακωμένων σπόρων έχει μεταβληθεί σε αρκετό βαθμό (ελάττωση του μήκους και αύξηση του πλάτους και του πάχους τους), αλλά όχι τόσο που να είναι αδύνατη η αναγνώρισή τους. Η εύρεση των σπόρων επιτυγχάνεται με τη μέθοδο της επίπλευσης που μπορεί να περιγραφεί ως εξής: σε μία ειδική συσκευή (νεροκόσκινο) που περιέχει νερό, ρίχνουν χώμα που προέρχεται από αρχαιολογικό στρώμα και το αναταράσσουν. Τα ελαφρύτερα οργανικά κατάλοιπα που επιπλέουν στην επιφάνειά του (σπόροι, μικρά οστά, όστρεα), αλλά και τα βαρύτερα, μαζεύονται σε κόσκινα με τρύπες ανάλογης διαμέτρου ώστε να τα συγκρατήσουν. Έτσι είναι δυνατόν να συγκεντρωθούν στοιχεία που δε φαίνονται με γυμνό μάτι κατά τη διάρκεια της ανασκαφής. Οι σπόροι που συγκεντρώνονται με τη μέθοδο της επίπλευσης αποτελούν ένα αξιόπιστο δείγμα, χρήσιμο για την ανασύσταση της οικονομίας ενός οικισμού. Η αναγνώριση του είδους των προϊστορικών σπόρων γίνεται με μικροσκόπιο και βασίζεται στην αναλυτική καταγραφή όλων των λεπτομερειών της μορφολογίας τους και την προσεκτική σύγκρισή τους με σπόρους νωπών φυτών του ίδιου είδους.

Οι γνώσεις μας για την πανίδα μιας θέσης προέρχονται από τη μελέτη των οστών μικρών και μεγάλων ζώων. Η αναγνώριση ορισμένων μορφολογικών χαρακτηριστικών των οστών και των δοντιών των ζώων βοηθά στην αναγνώριση του είδους τους και παρέχει ασφαλείς ενδείξεις για την ανασύσταση της πανίδας της περιοχής.