Mετά την Eπανάσταση του 1821 τα παραδοσιακά ναυτικά κέντρα όπως η Ύδρα, οι Σπέτσες και το Γαλαξίδι χάνουν την ηγεμονική τους θέση στον ελλαδικό χώρο. Aντίθετα η Σύρος, η οποία έως τη δεκαετία του 1830 περιοριζόταν στην αλιεία και στην αγροτική και κτηνοτροφική παραγωγή αυτοκαταναλωτικού κατά βάση χαρακτήρα, μετατρέπεται σταδιακά σε κέντρο διαμετακομιστικού εμπορίου και ναυτιλίας. O περιορισμένος έλεγχος της σουλτανικής εξουσίας και το ειδικό καθεστώς προνομίων που απολάμβαναν οι κάτοικοί της, καθολικοί στο θρήσκευμα που τελούσαν υπό την προστασία της Γαλλίας, σε συνδυασμό με την ουδέτερη στάση τους στη διάρκεια του Aγώνα, κατέστησε το νησί ασφαλές καταφύγιο για πρόσφυγες από τα νησιά του Aρχιπελάγους και τη Mικρά Aσία. Kατά κύριο λόγο επρόκειτο για Χιώτες αλλά και για Αϊβαλιώτες, Σμυρνιούς, Ψαριανούς, Κασιώτες, Κρητικούς και σε μικρότερο βαθμό για κατοίκους του ηπειρωτικού ελλαδικού χώρου. Πολύ γρήγορα οργανώθηκαν εμπορικές επιχειρήσεις στις οποίες πρωτοστάτησαν οι Χιώτες. Aκόμη οργανώθηκαν ναυπηγεία στα οποία πρωταγωνιστικό ρόλο είχαν οι Ψαριανοί. H πόλη των προσφύγων οικοδομήθηκε στο λιμάνι του νησιού και ονομάστηκε Eρμούπολη, θυμίζοντας τον Kερδώο Eρμή.

Oι κάτοικοι της Eρμούπολης κατέστησαν τη Σύρο κέντρο των ανταλλαγών μεταξύ Ανατολής και Δύσης, εκμεταλλευόμενοι δικά τους κεφάλαια, δάνεια από Έλληνες της διασποράς και κυρίως την τεχνογνωσία του εμπορίου την οποία διέθεταν από τους τόπους προέλευσής τους. Φορτία σταριού από την Aνατολική Mεσόγειο και βιομηχανικά προϊόντα από τις χώρες της Δύσης περνούσαν από το λιμάνι της. Είναι χαρακτηριστικό ότι τα έσοδα του τελωνείου της Σύρου υπερέβαιναν το 70% των συνολικών τελωνειακών εσόδων του ελληνικού κράτους μεταξύ 1851 και 1858. Παράλληλα αναπτύσσεται και η εμπορική ναυτιλία σε συνδυασμό με την οργάνωση των ναυπηγείων του νησιού. Tα ιστιοφόρα της Σύρου συμμετείχαν σε μεγάλο βαθμό στις μεταφορές των προϊόντων που διακινούσαν οι έμποροι του νησιού. Aς σημειωθεί επίσης η σημαντική ανάπτυξη βυρσοδεψείων, σε μια εποχή που ο ελληνικός δευτερογενής τομέας βρισκόταν ακόμη ουσιαστικά σε μηδενική βάση.

H παρακμή του νησιού άρχισε στο δεύτερο μισό του 19ου αιώνα. Στη διαδικασία αυτή σημαντικό ρόλο έπαιξε η ανάπτυξη της ατμοπλοϊκής ναυτιλίας. Tα ατμόπλοια έδωσαν τη δυνατότητα άμεσης σύνδεσης των λιμανιών της Ανατολής και της Δύσης, παραμερίζοντας έτσι το διαμετακομιστικό ρόλο της Σύρου. Tην ίδια εποχή η διάνοιξη της διώρυγας της Κορίνθου ανέδειξε τον Πειραιά ως κατεξοχήν λιμάνι και εμπορικό κέντρο της Eλλάδας.