Οι εκκλησιαστικές έριδες κυριάρχησαν στην περίοδο αυτή και απασχόλησαν σε μεγάλο βαθμό την εσωτερική πολιτική των αυτοκρατόρων. Με τους νικηφόρους πολέμους εναντίον των Περσών και την ανάκτηση των ανατολικών επαρχιών που ήταν προσκείμενες στο Μονοφυσιτισμό, ο Ηράκλειος Α΄ ήρθε αντιμέτωπος με το πρόβλημα της συμβίωσης μονοφυσιτών και ορθοδόξων. Για το λόγο αυτό στήριξε τη μονοενεργητική-μονοθελητική διδασκαλία του πατριάρχη Σεργίου, καθώς πίστεψε ότι θα ήταν αποδεκτή και από τις δύο ομάδες. Τόσο ο Μονοενεργητισμός όσο και ο Μονοθελητισμός, που εισήχθη με την "Έκθεση" του Ηρακλείου το 638, συνάντησαν σύσσωμη την αντίδραση και των μονοφυσιτών και των ορθοδόξων, μεγάλωσαν τις αντιθέσεις μεταξύ τους και διευκόλυναν τελικά την αραβική επέκταση στις περιοχές αυτές, καθώς οι σύροι και παλαιστίνιοι μονοφυσίτες θεώρησαν μικρότερο κακό την αραβική κατάκτηση από την υποταγή στο δόγμα της Χαλκηδόνας.

Τις θρησκευτικές έριδες προσπάθησε να κατευνάσει ο διάδοχος του Ηρακλείου, Κώνστας Β'. Με τον "Τύπο" που εξέδωσε το 648 διέταξε την απομάκρυνση της "Έκθεσης" του Ηρακλείου από το νάρθηκα της Αγίας Σοφίας και απαγόρευσε κάθε συζήτηση για τις ενέργειες ή τις θελήσεις του Χριστού. Οι προσπάθειες όμως τόσο του Ηρακλείου όσο και του Κώνσταντα Β' να ρυθμίσουν τις διαφορές ορθοδόξων και μονοφυσιτών-μονοθελητών απέτυχαν λόγω της αδιάλλακτης στάσης και των δύο μερίδων. Όταν λοιπόν οι 'Aραβες κατέκτησαν οριστικά τις νοτιοανατολικές περιοχές του κράτους, που ήταν κατεξοχήν μονοφυσιτικές, ο διάδοχος του θρόνου Κωνσταντίνος Δ' θεώρησε ότι δεν υπήρχε πλέον λόγος να συνεχίζονται αυτού του είδους οι έριδες. Συγκάλεσε τη Στ' Οικουμενική Σύνοδο (Κωνσταντινούπολη 680/1), που τάχθηκε υπέρ της Ορθοδοξίας και αποκατέστησε τη θρησκευτική ενότητα του κράτους. Τελευταία απόπειρα αποκατάστασης του Μονοθελητισμού έγινε το 712 από το Βαρδάνη-Φιλιππικό. Ο τελευταίος όμως εκθρονίστηκε το 713 από τον Αρτέμιο-Αναστάσιο Β', που κατάργησε την πολιτική αυτή.