Το ανάκτορο της Κνωσού είναι το μεγαλύτερο στη μινωική Κρήτη. Συγκεκριμένα, είναι κατά δύο φορές μεγαλύτερο από το ανάκτορο της Φαιστού και των Μαλίων, τέσσερις φορές από εκείνο της Ζάκρου και επτά φορές από το ανακτορικό κέντρο των Γουρνιών. Σε αντίθεση από τη Φαιστό και τα Μάλια, που παρουσιάζουν ενιαίο σχεδιασμό, το πρώτο ανάκτορο της Κνωσού δε φαίνεται να έχει κτιστεί σε μία σύντομη περίοδο, αλλά σε διαδοχικά στάδια, ίσως με την ενοποίηση σημαντικών κτηρίων της προανακτορικής εποχής. Στο σχεδιασμό του αποφεύχθηκαν γενικά οι ευθείς διάδρομοι, ενώ παρατηρείται πολύ συχνά η χρήση γωνιών και ψευδοεισόδων. Τα στοιχεία αυτά, μαζί με την πολύπλοκη αρχιτεκτονική του σύλληψη, δικαιολογούν τον κρητικό μύθο του Λαβύρινθου.

Όπως και στα άλλα μινωικά ανάκτορα, τα διαμερίσματα του ανακτόρου της Κνωσού αναπτύσσονται γύρω από μία μεγάλη κεντρική αυλή. Στη βόρεια και τη δυτική πλευρά βρίσκεται η δυτική αυλή και ο θεατρικός χώρος. Η πρόσβαση στο εσωτερικό του ανακτόρου γινόταν από τρεις εισόδους που βρίσκονταν στη βόρεια, τη δυτική και τη νότια πλευρά. Στις πτέρυγες γύρω από την κεντρική αυλή υπήρχαν δωμάτια διαφόρων χρήσεων, όπως ιδιωτικά διαμερίσματα, χώροι υποδοχής, αποθήκες, εργαστήρια και ιερά, ενώ ο προσδιορισμός της χρήσης πολλών από τους χώρους δεν είναι ακόμη σίγουρος. Η δυτική πτέρυγα είναι καλά διατηρημένη και παρουσιάζει πολλές ομοιότητες με την αντίστοιχη πτέρυγα του ανακτόρου της Φαιστού, ενώ η ανατολική σώζεται σε κακή κατάσταση. Το ανατολικό τμήμα καταλαμβανόταν από χώρους εργαστηριακούς και αποθηκών. Ορισμένα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα, όπως τα κλιμακοστάσια, οι ογκώδεις κίονες και το πεσμένο οικοδομικό υλικό δείχνουν ότι υπήρχε δεύτερος ή ίσως και τρίτος όροφος.