Κατά την Αρχαιότερη και Μέση Νεολιθική οι νεκροί ενταφιάζονται μέσα στα σπίτια τους ή πολύ κοντά σ' αυτά, στα όρια των οικισμών που έζησαν. Σύμφωνα με ευρήματα από τη Νέα Νικομήδεια, την Άργισσα, τη Σουφλί Μαγούλα, το Φράγχθι οι νεκροί τοποθετούνται σε απλούς λάκκους (0,7Χ1,0 μέτρο), σε συνεσταλμένη (εμβρυακή) στάση. Πρόκειται συνήθως για μεμονωμένες ταφές παιδιών ή νεαρών ατόμων που τάφηκαν κάτω από το δάπεδο του σπιτιού τους.

Ομαδικές ταφές τεκμηριώνονται μέχρι τώρα μόνο στη Νέα Νικομήδεια, όπου ανακαλύφθηκε ταφή γυναίκας και δυο παιδιών. Οι νεκροί συνοδεύονται από κτερίσματα (ταφικά δώρα), όπως κεραμική, λίθινα εργαλεία (λεπίδες πυριτόλιθου) ίσως και μικρά ζώα.

Εκτός από τις πρωτογενείς ταφές, γνωστό είναι και το έθιμο της ανακομιδής οστών και της ταφής τους κάτω από το δάπεδο: στον Πρόδρομο Καρδίτσας βρέθηκαν οστά από ένδεκα κρανία, θραυσμένα μηριαία οστά και οστά θώρακα, όχι σε ανατομική θέση, αλλά σκορπισμένα κάτω από το δάπεδο οικίας, και μάλιστα σε τρία διαδοχικά στρώματα.


Κατά την Αρχαιότερη Νεολιθική (φάση Πρωτοσέσκλο) σημειώνεται για πρώτη φορά στον ελλαδικό χώρο το έθιμο της καύσης των νεκρών, έθιμο που παγιώνεται στο Αιγαίο κατά την Πρωτογεωμετρική και Γεωμετρική εποχή (1000-700 π.Χ.). Μοναδικό δείγμα του εθίμου αυτού αποτελεί το νεκροταφείο με καύσεις νεκρών στη Σουφλί Μαγούλα Θεσσαλίας. Μέσα σε ελλειψοειδείς λάκκους, με διάμετρο 60-80 και βάθος 10-30 εκατοστά, βρέθηκαν καμένα οστά και μονόχρωμα αγγεία, σπασμένα σκόπιμα. Τις ταφές συνοδεύουν προσφορές από μικρά, πρόχειρα πλασμένα αγγεία, που ψήθηκαν πιθανότατα από την ταφική πυρά, λίθινα αγγεία και το καμένο κρανίο ενός αιγοειδούς. Σε μια έκταση 10Χ5 μέτρα βρέθηκαν συνολικά 14 ταφές καύσεων, αλλά και δυο μεγαλύτεροι λάκκοι, με έντονα ίχνη φωτιάς και μικρά κομμάτια καμένων οστών από διαφορετικά άτομα, οι οποίοι αποτελούν αποτεφρωτήριο.

Από τη Μέση Νεολιθική μαρτυρούνται επίσης έξι καύσεις νεκρών σε μικρό σπήλαιο στην Πρόσυμνα. Το έθιμο καύσης των νεκρών συνεχίζεται και κατά τη Νεότερη Ι και την Τελική Νεολιθική.