Το σπήλαιο του Ζα βρίσκεται στη δυτική πλαγιά του ομώνυμου όρους της Νάξου, σε υψόμετρο 628 μέτρων. Η ανασκαφική έρευνα (1985-1986) στο ευρύχωρο αυτό σπήλαιο δείχνει την αδιάκοπη κατοίκησή του κατά τη Νεότερη (Ζας Ι), την Τελική Νεολιθική (Ζας ΙΙα-β) και την Πρώιμη εποχή του Χαλκού (Πρωτοκυκλαδική Ι). Το γεγονός έχει ιδιαίτερη σημασία για τη χρονολόγηση και τη μελέτη της πολιτιστικής συνέχειας στις Κυκλάδες από τη Νεολιθική στη λαμπρή Πρωτοκυκλαδική περίοδο (3η χιλιετία π.Χ.).

Η οικονομία των κατοίκων του σπηλαίου βασίζεται στη γεωργία σιτηρών (κριθάρι) και οσπρίων (φακή, φασόλια) και την κτηνοτροφία (αιγοπρόβατα). Η άσκηση γεωργίας επιβεβαιώνεται και από τα στοιχεία δρεπανιών από πυριτόλιθο και οψιανό. Τόσο ο οψιανός όσο και ο πυριτόλιθος φθάνουν στο σπήλαιο με μορφή πυρήνων ή έτοιμων εργαλείων. Στα λίθινα εργαλεία συγκαταλέγονται επίσης τριγωνικές φυλλόσχημες αιχμές βελών από οψιανό καθώς και λεπίδες, οδοντωτά και οπείς.
Η κεραμική της φάσης Ζας ΙΙα περιλαμβάνει χαρακτηριστικά αγγεία της Τελικής Νεολιθικής (πολιτισμός Αττική-Κεφάλα) με μαύρη στιλβωμένη επιφάνεια και λευκή γραπτή, γραμμική διακόσμηση. Η φάση Ζας ΙΙβ χαρακτηρίζεται από ερυθρωπές φιάλες με παχιά χείλη που κλίνουν προς τα μέσα και οριζόντιες σωληνωτές λαβές. Η κεραμική αυτή κατηγορία, που είναι τυπική στο βορειοανατολικό Αιγαίο (Τρωάδα και νησιά) κατά τις ύστατες φάσεις της Νεολιθικής (Χαλκολιθικής), μέχρι πρόσφατα κατατασσόταν, λόγω ελλιπών στρωματογραφικών δεδομένων από τις Κυκλάδες, στην Πρωτοκυκλαδική Ι (3000-2700 π.Χ.). Η ανασκαφή όμως στο Ζα αναθεωρεί με αδιάσειστα στοιχεία την παλαιότερη άποψη.

Από τα στρώματα της Τελικής Νεολιθικής (Ζας ΙΙα-β) προέρχονται 4 πελέκεις, βελόνες και περόνες από χαλκό που έχουν εξαιρετική σημασία για την πρώιμη μεταλλουργία στο Αιγαίο. Τέλος, ένα ορθογώνιο, διάτρητο έλασμα χρυσού (ταινία), το παλαιότερο εύρημα από πολύτιμο μέταλλο στις Κυκλάδες, επιβεβαιώνει τη συμμετοχή των Κυκλαδιτών στα εκτεταμένα δίκτυα πολιτιστικών ανταλλαγών της αιγαιακής Τελικής Νεολιθικής. Όμοια ελάσματα έχουν βρεθεί στην Αραβησσό της Μακεδονίας και σχετίζονται με εκείνα από το νεκροταφείο της Βάρνας στη Βουλγαρία.