Η οργάνωση των οικισμών και η αρχιτεκτονική μορφή των σπιτιών διαφέρει κατά περιοχές και περιόδους και αντανακλά τις περιβαλλοντικές, οικονομικές και κοινωνικές μεταβολές που σημειώνονται κατά τη μακραίωνη Νεολιθική εποχή (6800-3200 π.Χ.). Τα υλικά δόμησης είναι χοντροί ξύλινοι πάσσαλοι, καλάμια, πηλός (αχυροπηλός ή πλιθιά) και πέτρα για τα θεμέλια και την ανωδομή (τοίχοι), ενώ για τη στέγαση χρησιμοποιούνται κορμοί δένδρων, καλάμια, πηλός και άχυρο.

Θέσεις της Αρχαιότερης Νεολιθικής απαντούν στα παράλια και το εσωτερικό της ηπειρωτικής Ελλάδας και των νησιών Ιονίου και Αιγαίου, σε πεδινές και λοφώδεις περιοχές, κυρίως σε ποτάμια, ρέματα και πηγές. Αξιοσημείωτη είναι η έλλειψη αρχαιολογικών καταλοίπων της Προκεραμικής, της Αρχαιότερης και Μέσης Νεολιθικής από τις Κυκλάδες, παρά τη διαπιστωμένη ναυσιπλοΐα στο Αιγαίο και την εξόρυξη οψιανού ήδη από τη Μεσολιθική εποχή. Οι οικισμοί της Προκεραμικής Νεολιθικής αποτελούνται από ημιυπόγειες καλύβες (σκαμμένες εν μέρει στο έδαφος), όπως εκείνες που σώζονται στην Άργισσα, τα Δενδρά και την Κνωσό. Κατά την Αρχαιότερη Νεολιθική οι οικισμοί αποτελούνται από πασσαλόπηκτες, μονόχωρες καλύβες, που κτίζονται ανεξάρτητες η μια από την άλλη (Νέα Νικομήδεια). Τα γειτονικά κτίσματα χρησιμοποιούν, κατά τις πρώτες φάσεις της Νεολιθικής, εστίες και φούρνους που βρίσκονται στους κοινόχρηστους ελεύθερους χώρους, ανάμεσα στα σπίτια (Αχίλλειο).



Κατά τη Μέση Νεολιθική συνεχίζεται η κατασκευή πασσαλόπηκτων οικιών (Νέα Μάκρη), ενώ κτίζονται για πρώτη φορά σπίτια με λίθινα θεμέλια και τοίχους από ωμές πλίνθους (άψητα τούβλα από μίγμα πηλού και άχυρου). Μια ηθελημένη αναφορά στο νέο αυτό τεχνολογικό και κοινωνικό γεγονός αποτελεί η μαζική εμφάνιση των πήλινων ομοιωμάτων σπιτιών. Τα σπίτια είναι ορθογώνια, μονόχωρα ή διαθέτουν και ανοιχτό ή κλειστό προθάλαμο (τύπος μεγάρου). Είναι κτισμένα ανεξάρτητα το ένα από το άλλο, ισόγεια κατά κανόνα, ενώ υπάρχουν ενδείξεις για χρήση και διώροφων οικημάτων (Σέσκλο). Η οικία "τύπου Τσαγγλί" (τρία δείγματα στον οικισμό Τσαγγλί) με δυο εσωτερικές αντηρίδες, δηλαδή τοιχάρια που προεξέχουν, σε κάθε πλευρά, και με μια σειρά πασσάλων στο μέσον του τετράγωνου χώρου, ξεχωρίζει στην αρχιτεκτονική της Μέσης Νεολιθικής. Οι αντηρίδες εξυπηρετούν τόσο τη στέγαση του χώρου όσο και τη διάκριση διαφόρων λειτουργιών, όπως τροφοπαρασκευή, αποθήκευση, ύπνο κ.λπ.
Κατά τη Νεότερη Νεολιθική παρατηρείται σημαντική αύξηση του αριθμού των οικισμών στις πεδιάδες, που συνεπάγεται πληθυσμιακή αύξηση και εντατικοποίηση της καλλιέργειας. Χρησιμοποιούνται μεγάλων διαστάσεων ορθογώνια και μεγαρόσχημα κτήρια (Σέσκλο, Μαγούλα Βισβίκη), ενώ οι τροφοπαρασκευαστικές κατασκευές βρίσκονται πλέον κατά κανόνα στο εσωτερικό των σπιτιών. Πολλοί οικισμοί περιβάλλονται από τάφρους πλάτους 4-6 και βάθους 1,5-3,5 μέτρων (π.χ. Οτζάκι, Γαλήνη, Μακρύγιαλος) ή λιθόκτιστους περιβόλους ύψους 1,5-1,7 μέτρων (Σέσκλο, Διμήνι). Η λειτουργία των περιβόλων παραμένει ασαφής: προστασία από τα άγρια ζώα ή δήλωση των ορίων του οικισμού και προστασία των αγαθών του;

Κατά την Τελική Νεολιθική κατοικούνται εντατικότερα οι παράκτιες ζώνες, και μάλιστα τα παράκτια σπήλαια, καθώς επίσης και τα νησιά, ενώ στις πεδινές περιοχές κάποιοι οικισμοί φαίνεται να αποκτούν ιδιαίτερη οικονομική σημασία. Οι οικισμοί περιβάλλονται συχνά από τάφρους (Διμήνι), ενώ στην αρχιτεκτονική χρησιμοποιούνται για πρώτη φορά αψιδωτά κτίσματα (Ραχμάνι).